Předmět Molekul. metody v ekologii půdy a vody (KBE / 017)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBE / 017 - Molekul. metody v ekologii půdy a vody, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Obsah přednášky:1. Úvod do mikrobiální ekologie vody2. Úvod do mikrobiální ekologie půdy3. Genetická diverzita, studium diverzity, taxonomie založená na 16S rDNA genu, definice druhu4. Přehled DNA/RNA přístupů v mikrobiální ekologii. Pojmy struktura společenstva, diverzita společenstva, abundance. Analýza DNA vs. RNA.5. Kvalitativní analýzy půdních mikrobiálních společentev. DNA fingerprintingové techniky (PCR-RFLP, ARISA, t-RFLP, DGGE/TGGE), klonování/sekvenování, práce se sekvencemi DNA, databáze sekvencí DNA.6. Principy sekvenování pomocí nových sekvenačních technik; pyrosekvenování (DNA-tagging) a metagenomika7. Kvantitativní analýzy půdních mikrobiálních společenstev. Principy kvantitativní PCR, relativní a absolutní kvantifikace, inhibiční efekty. Využití nespecifických a specifických fluorescenčních barviv a sond.8. DNA microarrays, taxonomické, funkční a expresní DNA čipy.9. Detekce mikroorganizmů pomocí nespecifických DNA barev (DAPI, Picogreen) a fluorescenčně značených oligonukloetidových prób (FISH, CARD-FISH, FISH-MAR). Databáze Probebase.10. Princip DNA-SIP, RNA-SIP, t.j. možnosti jak studovat funkce mikrobiálních společenstev.Obsah cvičení:FISH, DNA, DGGE, qPCR
Literatura
Modern Soil Microbiology, 2. Ed. (van Elsas, Jansson, Trevors), 2007.
Požadavky
Speciální kurz doktorského studijního oboru Biologie ekosystémů
Garant
RNDr. Alica Chroňáková, Ph.D.
Vyučující
Ing. Jiří Bárta, Ph.D.RNDr. Alica Chroňáková, Ph.D.RNDr. Jan Jezbera, Ph.D.Mgr. Martina Kyselková, Ph.D.Ing. Jiří Bárta, Ph.D.RNDr. Alica Chroňáková, Ph.D.RNDr. Jan Jezbera, Ph.D.Mgr. Martina Kyselková, Ph.D.