Předmět Biometrická genetika - Mgr. (AGA28E)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu AGA28E - Biometrická genetika - Mgr., Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů, Česká zemědělská univerzita v Praze (ČZU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Celá výuka všech semestrů šlechtění navazuje na předmět Genetika populací. Výuka po celou dobu všech navazujících předmětů trvale navazuje na již v předchozích hodinách zvládnutých dovednostech. Celkem včetně předmětu Genetiky populací výuka zahrnuje 5 semestrálních předmětů + domácí úlohy a dodělávky ze školy + diplomka + výlety na šlechtitelsky zajímavá místa + diplomová odborná praxe. Je možné se zaměřit dále na předměty, které uvedou do molekulární genetiky. Dle zájmu studenta je možné na ně navázat ve volitelných předmětech a získat tak možnost budoucího uplatnění v genetických laboratořích, či si vybrat předměty dále prohlubující praktické zootechnické znalosti, zvyšující možnost uplatnění ve svazech chovatelů a podnikatelské oblasti (poradci, šlechtitelé). Přímo v tomto předmětu jde o zvládnutí pracovních nástrojů potřebných k odbornosti "šlechtění hospodářských zvířat". Příprava a zpracování datových souborů, základní metody vyhodnocení souboru údajů, rozdíly mezi skupinami zvířat a jedinci, vazby mezi vlastnostmi, populačně-genetické parametry, návrh způsobu vyhodnocení, ověření vhodnosti zvoleného postupu a chyb dosažených výsledků, sestavení a řešení soustav rovnic a používání statistické knihovny SAS. Zopakování podstaty teorie počtu pravděpodobnosti, normálního rozdělení, analýza rozptylu, kovariance, regrese, korelace, lineární modely, podstata metod nejmenších čtverců a maximální věrohodnosti. Seznámení s novými a pokročilými statistickými postupy pro řešení úloh v genetice populací a šlechtění hospodářských zvířat. Věnována pozornost jak genetice kvantitativních vlastností, tak i kvalitativních vlastností (podmíněných majorgeny) a zásadám šlechtění pomocí markerů. Základem výuky jsou přednášky, cvičení v počítačové cvičebně a zadané úlohy. Těžiště výuky spočívá ve vlastní tvůrčí činnosti studentů na počítačích a řešení vznikajících obtíží. Souhrnné znalosti a dovednosti získané ve dvouletém magisterském studiu předmětů "šlechtění": Znalosti obecné: Programování na počítačích, pokročilé ovládání počítačů, práce se softwarem SAS, prohloubení znalostí v biometrice, práce s velkými soubory údajů, rozvoj analytického myšlení, vyjádření svých poznatků písemně, přednesení a veřejné obhájení poznatků. Metody odborné: Stanovení plemenné hodnoty, metoda toku genů, stochastické simulace, ziskové funkce a bioekonomické modelování, tvorba selekčních indexů, genomická selekce, stanovení komponent rozptylu a odhad parametrů křížení. Schopnosti odborné: Navrhnout způsoby hodnocení zvířat, stanovit plemenné hodnoty a genetické parametry, navrhnout způsoby testu užitkovosti a plány pokusů, zjistit realizovaný genetický zisk, předpovědět genetický zisk, navrhnout a porovnat selekční a hybridizační programy, navrhnout způsob selekce a způsob připařování ve stádě, porovnat domácí šlechtění se zahraničním, provést rozbor nákladů ve šlechtění. Uplatnění absolventů: Výzkumné ústavy, university, svazy chovatelů, šlechtitelské a poradenské firmy, zastřešující celostátní a nadnárodní úřady a organizace se zaměřením na šlechtění zvířat.

Osnova

PřednáškaCo je šlechtění, činitele ovlivňující užitkovostSpojité náhodné proměnnéKovariance, regrese a korelaceLineární modely (efekty pevné, náhodné, smíšené)Podstata metody maximální věrohodnostiOdhady komponent rozptylu a genetických parametrůOdhady plemenných hodnoty - BLUP - Animal modelJednoduché programování v SASuMaticový počet v SASuModelová rovnice a sestavení soustav normálních rovnicPočítačové řešení soustavyTestování modelů a středních chyb odhadnutých konstant, lineární kontrastyNačtení, úprava a přetahování datových souborůZákladní procedury v SASuCvičeníMaticová algebra na počítačiNávrh modelové rovniceSestavení soustavy normálních rovnicŘešení soustavyOdhad komponent rozptyluREMLStanovení středních chyb odhadnutých veličinLineární kontrastyProměnlivost vysvětlená zvoleným způsobem hodnoceníNáhodné efekty - Animal modelPřetahování a úprava datových souborůZákladné procedury v SASuOdhady plemenné hodnoty pomocí Animal modeluPříklady pro odhad koeficientů dědivosti a genetických korelací pomocí metody maximální věrohodnosti

Získané způsobilosti

Znalosti:Znalosti získané v tomto předmětu: - Prohloubení znalostí v biometrice - Práce s velkými soubory údajů - Volba a ověření vhodných statistických postupů hodnocení - Odhad komponent rozptylu - Stanovení kontrastů a chyb odhadovaných parametrů - Stanovení genetických parametrůDovednosti:Hlavními získanými dovednostmi jsou: - Základy programování na počítačích - Pokročilé ovládání počítačů - Práce se softwarem SAS - Sestavování modelů pro genetická hodnoceníKompetence - komunikace:Je připraven pracovat sám i ve vzájemně spolupracující skupině. Je schopen komunikovat v českém (případně anglickém) jazyce s účelným využíváním odborných výrazů daného předmětu. Umí vyjádřit (ústně a písemně) a obhájit na veřejnosti vlastní názory, dokáže srozumitelně sdělovat poznatky a vlastní myšlenky a navrhovat možná řešení.Kompetence - úsudek:Student je schopen přistupovat ke své práci tvořivě, důraz je na rozvoj analytického myšlení. Je schopen posoudit, zhodnotit a využít literární zdroje při tvoření vlastního úsudku a využít v práci jak vlastní zkušenosti, tak zkušenosti ostatních odborníků.

Literatura

ZákladníJazyk výuky: ČeštinaGrofík, R., Flak, P. 1990. Štatistické metódy v polnohospodárstve. Príroda. Bratislava. 338 s.Jakubec, V., Golda, J., Říha, J. 1998. Šlechtění masných plemen skotu (Beef cattle breeding). VÚCHS Rapotín a ČZU Praha. 182 s.Jakubec, V., Říha, J., Golda, J., Majzlík, I. 1999. Odhad plemenné hodnoty hospodářských zvířat (Breeding value estimation in animals). VÚCHS Rapotín a ČZU Praha. 175 s.Přibyl, J., Přibylová, J. 2002. Výběr vhodného modelu při vyhodnocování souboru údajů. XV. letní škola biometriky Lednice na Moravě, 2.- 6.9. Sborník referátů. ÚKZÚZ Brno. 41-50.DoporučenáJazyk výuky: ČeštinaFalconer, D. S., Mackay, T. F. C. 1996. Introduction to quantitative genetics. 4th E. Longman Sci. and Tech. Harlow. UK. 365 s. ISBN 0582243025.Henderson, C. R. 1984. Application of linear models in animal breeding. University of Guelph. Canada. 462 s.Herrendörfer, G., Schüler, L. 1987. Populationsgenetische Grundlagen der Selektion. VEB Gustav Fischer Verlag, 260 s.Kräusslich, H. 1994. Tierzüchtungslehre. Verlag Eugen Ulmer. Stuttgart. 464 s. ISBN 3800143712.Lynch, M., Walsh, B. 1998. Genetics and analysis of quantitative traits. Sinauer Associates, Inc. USA. 980 s. ISBN 0878934812.Searle, S. R. 1971. Linear models. John Wiley and Sons. New York. 532 s. ISBN 0471769509.Searle, S. R., Casella, G., McCulloch, C. E. 1992. Variance components. John Wiley and Sons. New York. 501 s.Snedecor, G.W., Cochran W.G. 1967. Statistical methods. The Iowa State University Press. Ames. Iowa. USA. 593 s.Jakubec, V., Říha, J., Majzlík, I., Bjelka, M. 2003. Teorie a praxe selekce hospodářských zvířat (Theory and praxis of animal selection). VÚCHS - Rapotín, ČZU - Praha. 154 s. ISBN 9788090314320.Kníže, B., Šiler, R. 1978. Genetika zvířat. SZN. Praha. 437 s.Mrode, R. A. 1996. Linear models for the prediction of animal breeding values. CAB International. 187 s. ISBN 0851990002.

Požadavky

Žádné

Garant

prof. Ing. Josef Přibyl, DrSc.