Předmět Moderní limnologické metody (KBE / 461)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBE / 461 - Moderní limnologické metody, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášek:Fluorescenční mikroskopie, pojem primární a sekundární fluorescence, specifická vazba fluorochromů. Barvení fluorochromy, které se vážou na DNA, rozlišení mikroorganismů na prokaryota a eukaryota. Využití vícenásobného diferenciálního barvení fluorochromy v mikrobiální ekologii, modelový systém predátor-kořist. Základy analýzy kinetických dat v biochemii: časové průběhy, saturační kinetika, užívané modely, software. Spektrofluorometrie, základní principy a využití. Fluorometrické stanovení aktivity extracelulárních enzymů. Práce s radioaktivitou: základní pojmy, zákonné normy, vybavení izotopové laboratoře I. kategorie. Měření radioaktivity scintilační spektrometrií. Teorie, obsluha a kalibrace scintilačního počítače, vyhodnocování výsledků. Primární produkce 14C metodou, osud primární produkce a extracelulární produkce 14C metodou. Obrat rozpuštěného ortofosfátu 32P metodou, inkorporace 32P, stanovení dostupného ortofosfátu podle Riglera. Bakteriální produkce inkorporací 3H-thymidinu, 3H-leucinu, 35S. Inkorporace a oxidace 14C značených substrátů (glukóza, acetát...), heterotrofní aktivita dle Hobbie & Wright. Mikroautoradiografie - princip metody, použití značených substrátů (3H, 14C, 32P, 33P) pro planktonní objekty různých velikostí.Obsah cvičení:Praktické provedení bude probíhat v moderně vybavených specializovaných laboratořích HBÚ AV ČR: Příprava preparátů s nízkou fluorescencí pozadí, barvení DTAF, rozlišení přítomnosti chlorofylu v buňkách mikroorganismů. Barvení DAPI (zvýraznění DNA a jader mikroorganismů), barvení primulinem (zvýraznění povrchových struktur prvoků). Barvení bakterií DTAF, dobarvení prvoků DAPI, stanovení rychlosti vyžírání bakterií prvoky. Vyhodnocování kinetických dat pomocí počítače. Seznámení s obsluhou a kalibrací fluorometru, kalibrační křivka methylumbelliferonu (MUF). Stanovení aktivity extracelulární fosfatázy a ß-glukosidázy pomocí příslušných MUF-substrátů. Seznámení s vybavením izotopové laboratoře. Test ze znalostí předpisů pro práci s radioaktivitou (podmínka připuštění k práci s izotopy). Seznámení s funkcí a obsluhou scintilačního počítače, kalibrace pomocí externích standardů. Stanovení primární produkce 14C metedou. Stanovení baktertiální produkce inkorporací 3H- thymidinu. Inkorporace 14C-glukózy. Mikroautoradiografie s 3H-substráty, interpretace výsledků.

Literatura

Hobbie, J. E., Daley, R. J. and Jasper, S., 1979: Use of Nuclepore filters for counting bacteria by epifluorescence microscopy. Appl. Environ. Microbiol. 33: 1225-1228. Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. 1993: Handbook of methods in aquatic microbial ecology, 777 pp, Lewis Publisher, Boca Raton, Florida. Porter, K. G. and Feig, Y. S., 1980: The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora. Limnol. Oceanogr., 25, 943-948. Preparation of samples for liquid scintillation counting (firemní katalog) Nuclear Chicago Corporation, Des Plaines, USA, 1976. Rieman, B., Sondergaard, M. (Eds): Carbon dynamics in eutrophic, temperate lakes, (248 pp. ). Elsevier, Amsterdam, 1986. Sherr, B. F., Sherr, E. B. and Fallon, R. D., 1987. Use of monodispersed, fluorescently labelled bacteria to estimate in situ protozoan bacterivory. Appl. Environ. Microbiol., 53, 958-965. Straškrabová, V., Hartman, P., Macek, M., Nedoma, J., Šimek, K. Vrba, J. 1996: Mikrobiální ekologie vody, 119 pp., Ministerstvo ŽP ČR.

Požadavky

Periodicita: pouze v akademickém roce začínajícím sudým letopočtem (např. 2008/2009).

Garant

prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.

Vyučující

prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.