Předmět Genetika a genomika rostlin (KGN / 694)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KGN / 694 - Genetika a genomika rostlin, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášek:1. Rostlinný genom (Struktura, geny a repetitivní sekvence, paradox velikostí genomů rostlin, různé úrovně kódování genetické informace, epigenetika, chromatin.)2. Repetitivní DNA a struktura chromozómů (Mobilní elementy a satelitní DNA, molekulární struktura chromozómů, centromer a telomer.)3. Evoluce rostlinného genomu (Principy srovnávací analýzy, syntenie, mechanizmy evoluce - duplikace, polyploidizace, hybridizace. Úloha repetitivní DNA v evoluci velikosti genomu a exprese genů.)4. Genomika a transkriptomika (Metody sekvenování genomů a stanovení exprese genů, nové sekvenační technologie, DNA čipy, počítačová analýza dat.)5. Rostlinné transkripční regulační faktory (Hlavní transkripční regulační faktory specifické pro rostliny a jejich funkce. Kombinatoriální působení regulačních faktorů, příklady faktorů typu MYB, MIC, bZIP a bHLH. Regulační sítě a "regulace regulátoru". Možnosti MYB a TF biotechnologie; in vitro evoluce regulačních faktorů.)6. Struktura a funkce rostlinné RNA, viroidy a posttranskripční umlčování genů (Hlavní typy buněčných RNA a jejich funkce, strukturní elementy RNA a katalytická RNA. Viroidní RNA, její struktura a funkce. Transkripční a posttranskripční umlčování genů, malé regulační RNA. Využití mechanismů silencingu pro biotechnologie, využití rostlinných virů (VIGS) a transgenose.)7. Molekulární markery (Markery založené na hybridizaci NK nebo na PCR, využití při studiu rostlinných genomů a při šlechtění.)8. Rostlinné mitochondrie a plastidy (Evoluční původ a dědičnost rostlinných organel, plastidový a mitochodriální genom. Transkripce, editování, úprava a stabilita RNA a translace v těchto organelách.)9. Reparace rostlinné DNA (Fotoreaktivace, excizní reparační systémy, oprava dvouřetězcových zlomů, reparační mechanismy v organelách, molekulární odpověď na genotoxický stres.)10. Životní cyklus kvetoucích rostlin (Genetika kvetení u Arabidopsis thaliana, determinace pohlaví u rostlin.)11. Rozmnožování rostlin (Způsoby rozmnožování, autoinkompatibilita a její typy. Pylová sterilita, typy a využití.)12. Transgenoze (Genetické modifikace jaderné, plastidové a mitochondriální DNA, využití v teoretickém a aplikovaném výzkumu, zdravotní a ekologické aspekty GM rostlin.)13. Determinace rezistence rostlin ke stresovým faktorům (Rezistence k suchu a chladu, rezistence k biotickým faktorům. Interakce hostitel-patogen - kompatibilní a inkompatibilní interakce, mechanizmy rezistence.)

Literatura

Brown T.A.: Genomes. BIOS Scientific Publishers Ltd, 2002 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/ bv.fcgi?rid=genomes.TOC&depth=2). Buchanan B.B., Gruissem W. Jones R.L.: Biochemistry and Molecular Biology of Plants. Am. Soc Plant Physiol. Rockville, USA, 2001. Daniell H., Chase C. (eds.): Molecular Biology and Biotechnology of Plant Organelles - Chloroplasts and Mitochondria. Springer, Dordrecht, 2004. Gesteland R.F., Cech T.R., Atkins J.F. (eds): The RNA World. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1998. Griffiths A.J.F., Gelbart W.M., Miller J.H., Lewontin R.C.: Modern Genetic Analysis. W.H. Freeman Co. New York, 2nd Ed. 1999. Kimura S., Sakaguchi K.: DNA Repair in Plants. Chem. Rev., 106, 753-766, 2006. Liu, L. et al.: Transcription factors and their genes in higher plants. Eur. J. Biochem., 262, 247-257, 1999. Rosypal S.: Úvod do molekulární biologie. Díl druhý. Třetí vydání. Brno 2002. Řepková J., Relichová J.: Genetika rostlin. PřF MU Brno, 2001. Storz, G. et al.: An abundance of RNA regulators. Annu. Rev. Biochem., 74, 199-217, 2005. Tabler, M., Tsagris, M.: Viroids: petite RNA pathogens with distinguished talents. Trends Plant Sci., 9, 339-348, 2004.

Požadavky

Periodicita: pouze v akademickém roce začínajícím lichým letopočtem (např. 2009/2010).

Garant

doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc.RNDr. Jiří Macas, Ph.D.RNDr. Jaroslav Matoušek, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc.RNDr. Jiří Macas, Ph.D.RNDr. Jaroslav Matoušek, CSc.