Předmět Populační a evoluční genetika (KGN / 705)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KGN / 705 - Populační a evoluční genetika, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášek:Obsah a historie populační genetiky, moderní populační/evoluční genetika, základní pojmy populační genetiky (Mendelovská populace, genový fond, polymorfismus na úrovni morfologické, cytologické, biochemické).Kvantifikace a měření genetické variability, genetické markery: alozymy, genom jako zdroj markerů, RFLP, PCR - RAPD, AFLP, VNTR, DNA sekvenování, SNP, výhody a nevýhody jednotlivých markerů.Modelování v populační genetice, základní nulový model: Hardyho-Weinbergova rovnováha a její aplikace (klinická praxe, forenzní věda), testování shody s HWE, vazbová nerovnováha, rekombinace a jejich vliv na genetický polymorfismus.Mutace - zdroj genetické variability, model mutace a jeho dopad na genetickou variabilitu populace. Nenáhodné oplozování, koeficient inbreedingu, výpočet inbreedingu z rodokmenů, podstata a důsledky výběrového křížení.Populační struktura a genový tok (migrace) ? základní model, Wahlundův efekt, Wrightovy statistiky (Fst), genetická a geografická vzdálenost, analogie(Gst, Rst, Theta). Genový tok - základní modely a aplikace, odhadovaní genového toku a Fst ze skutečných dat.Přírodní výběr (selekce) - Darwinovská fitness a adaptace, klasifikace a modely: diploidní deterministický model a jeho varianty (recesivní letalita, selekce purifikační, ovedominance (balancovaný polymorfismus, stabilizující selekce), underdominance (disruptivní selekce), další modely s více parametry. Kimurův princip maxima a Fisherův fundamentální teorém, adaptivní topografie a Wrightova teorie posunu rovnováhy.Náhodný genetický posun (genetický drift)- Wright-Fisherův model, efektivní velikost populace, drift kontinuální, nárazový (bottleneck) a vliv zakladatele, ochranářská a ekologická genetika.Interakce mezi základními evolučními parametry, mutačně-selekční rovnováha (Haldane-Mullerův princip).Molekulární evoluce - statistika z DNA alignmentů (haplotypy. párová diverzita; DNA polymorfismus a divergence), neutrální teorie molekulární evoluce, molekulární hodiny, koalescentní teorie, testy neutrality - fylogenetický, haplotypový, založené na koalescenci. Odlišení selekce od demografických jevů.Ochranářská genetika (conservation genetics) - genetický management malých populací, vliv migrace, inbreedingu, malé velikosti populace a možnosti nápravy, řešení taxonomických nejasností. Populační genetika člověka - aplikace HWE v klinické praxi a forenzní vědě, vliv jednotlivých evolučních faktorů na genetiku lidských populací, historické souvislosti, projekt HapMap.Fylogenetika - základní pojmy, topologiíe a typy fylogenetických stromů, monofylie / parafylie/polyfylie, homoplazie a homologie, vztah druhového a genového stromu, aplikace - koevoluce, fylogeografie, odhad doby divergence, rychlost substitucí, metody rekonstrukce fylogenetických stromů - modely pro výpočet distancí, UPGMA, Neighbor-Joining, parsimonie, maximum-likelihood, Bayesiánská metoda, ověřování spolehlivosti získaného stromu.Obsah cvičení:Procvičování příkladů, práce s databázemi a programy pro populační genetiku , experimentální analýza modelové populace (laboratorní část - alozymová esej, mitochondriální haplotypy).

Literatura

Allendorf, F.W. and G. Luikart. Conservation and the Genetics of Populations. Blackwell, 2007. Hartl D. L. & Clark A. G. (1989, 1997) Principles of Population Genetics. 2nd, 3rd ed. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts. Hedrick P. W. (2005): Genetics of populations. 3rd ed. Jones and Bartlett, Sudbury, Massachusetts. Nečásek J., Cetl I. a kol. (1979) Obecná genetika. SPN, Praha. Pp. 349-376.

Požadavky

Periodicita: v každém akademickém roce.

Garant

PaedDr. Martina Žurovcová, Ph.D.

Vyučující

PaedDr. Martina Žurovcová, Ph.D.Daniela CHUNDELOVÁMgr. Andrea JarošováPaedDr. Martina Žurovcová, Ph.D.