Předmět Struktura a funkce rostlinné RNA (KGN / 766)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KGN / 766 - Struktura a funkce rostlinné RNA, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášek:Svět RNA a evoluce, struktury a strukturní domény, jež tvoří RNA. Elementy sekundárních a terciálních struktur-základní pojmy; interakce RNA-RNA. Transkripce buněčné RNA a úloha strukturních elementů v determinaci jejich funkce a stability. Aspekty interakce RNA s bílkovinnými faktory a nukleolytické buněčné aktivity. Klasifikace proteinů, dsRNA vazebné domény. Klasifikace nukleolytických enzymů, dsRNAzy a jejich funkce, komponenty ribonukleázy P, rostlinné cyklizující RNAázy. Viroidní RNA-molekulární mechanismy propagace, patogeneze a evoluce viroidní RNA. Viroidní RNA a satelitní RNA rostlinných virů. Eliminace viroidních patogenů. Katalytická RNA a ribozymy; typy a rozšíření ribozymů, principy konstrukce umělých katalytických nůžek, minizymy. Evoluce RNA: in vitro projekty a katalytické schopnosti RNA, koevoluce tvaru a funkce. Využití ribozymů a transgenní organismy. Antisense RNA jako významný regulační mechanismus a "antisensing" jako významná biotechnologie. Využití technologie antisense RNA u vyšších rostlin, blokování genů a patogenů, uměle navozená odolnost rostlin, modifikace genetických a hospodářsky důležitých znaků. Historické aspekty pozorování kosuprese jako základu pro analýzu mechanismu vyhasínání genů. Gene silencing jako komplexní a rozvětvený mechanismus genové regulace. Druhy silencingu. Posttranskripční vyhasínání genů, dominantní úloha struktury RNA a aberantní RNA; základní komponenty gene silencingu a jejich objevení, degradační dráhy, RNA řízená metylace DNA, signální mechanismy silencingu. Silencing a jeho vužití pro fukční genomiku u rostlin a biotechnologie. VIGS jako efektivní nástroj pro studium funkce genů. 12. Cílené modifikace buněčných RNA jako 7SL RNA, tRNA a rRNA, projekty a metodické aspekty. Hledání nových promotorových elementů, na bázi buněčných RNA řízených DNA-závislou RNA polymerázou III, antisense ribózomy a antisense ribozymy, struktura a inserční tolerance buněčných RNA, nové druhy aberantní RNA a genové inženýrství.Obsah cvičení:1. Metody isolace rostlinné RNA pro RT PCR a infekce rostlin, vlastní příprava L. esculentum. 2. Analýza pomocí RT PCR a gradientové RT PCR. Příprava cDNA fragmentů, inokulace infekční RNA a biolistická inokulace, L.esculentum, N. benthamiana. 3. Studium exprese RNA pomocí dot blot a Northern blot analýzy. 4. Základy kvantitativní RT PCR na příkladu infikovaných rostlin mutantními a divokými kmenty viroidů (vlastní příprava). 5. Analýza struktury cDNA termodynamickou metodou TGGE, příklady počítačové analýzy struktur RNA. 6. Analýza populací cDNA metodou heteroduplexů (na příkladu viroidní a virové RNA).

Literatura

Gesteland R.F., Cech T.R., Atkins J.F. (eds): The RNA World. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1998. Storz, G. et al.: An abundance of RNA regulators. Annu. Rev. Biochem., 74, 199-217, 2005. Tabler, M., Tsagris, M.: Viroids: petite RNA pathogens with distinguished talents. Trends Plant Sci., 9, 339-348, 2004.

Požadavky

Periodicita: předmět běží ve studijních letech začínajících lichým rokem (např. 2001/2002).

Garant

RNDr. Jaroslav Matoušek, CSc.