Předmět Introduction to Bioinformatics (KMB / 605)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KMB / 605 - Introduction to Bioinformatics, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Obsah přednášek:1. Úvod do bioinformatiky (Oborník)-Vymezení oboru a jeho historie.Terminologie,metodologie oboru. Etika a dopady na společnost.2. Databáze sekvencí (Oborník)-Sekvenování DNA,DNA databáze,vyhledávání v DNA databázích,BLAST tools,predikce proteinových sekvencí z DNA,proteinové databáze,vyhledávání proteinových sekvencí. 3. Genomové databáze (Oborník)-Sekvenace genomů, strategie sekvenace genomu.Prokaryotické a eukaryotické genomy dostupné ve veřejných databázích.EST projekty,veřejně dostupné EST databáze. 4-6. Molekulární fylogenetika (Oborník)-tvorba alignmentů nukleových kyselin a proteinů,editace alignmentu,fylogenetická rekonstrukce,metody fylogenetické analýzy.Substituční modely pro DNA a proteiny.Artefakty fylogenetické analýzy a metody k jejich odstranění.Evoluce organismu a evoluce genu.Multiproteinová fylogeneze.Evoluce metabolických drah.7. Úvod do stereochemie a reaktivity bio-molekul (Trantírek)-Stereochemická terminologie.Úvod do reaktivity proteinů a nukleových kyselin.8-9. Struktura, funkce a fyzikálně-chemické vlastnosti proteinů (Trantírek) - Klasifikace proteinů.Vztahy mezi strukturou proteinů a jejich funkcí, in silico metody pro predikci funkce proteinů.Predikce fyzikálně-chemických vlastností proteinů a využití jejich znalosti pro modifikaci laboratorních postupů. Predikce spektrálních vlastností a interpretace spektrálních dat proteinů.10. Rodiny proteinů (Trantírek)-přehled metod pro predikci a experimentalní určování struktury proteinu.Vyhledávání funkčních a strukturních homologů. Predikce aktivního místa a aktivních aminokyselin enzymů.Racionální vývoj lečiv.11. Lokalizace proteinů: (Obornik)12. Databaze a webové nástroje pro strukturní genomiku a proteomiku (Trantírek)13. Strukturně-funkční vztahy u nukleových kyselin (Trantírek)14. Strukturně-funkční vztahy u saccharidů a malých organických molekul.Biionformatické přístupy k vývoji léčiv (Trantirek)15. Bioinformatické přístupy ke genové expresy (microarray data analysis) (Žurovec)Obsah cvičení:Ve cvičeních budou studenti prakticky používat metody probrané na přednáškách
Literatura
A.M. Lesk: Introduction to Protein Architecture, Oxford University Press, 20013. Bioinformatics and Functional Genomics (2003) Wiley-Liss, USA. M. Obornik, L. Trantirek: Úvod do bioinformatiky, v přípravě.
Požadavky
Periodicita: v každém akademickém roce.
Garant
prof. Ing. Miroslav Oborník, Dr.
Vyučující
Mgr. Josef Lazar, Ph.D.prof. Ing. Miroslav Oborník, Dr.Mgr. Aleš Horák, Ph.D.prof. Ing. Miroslav Oborník, Dr.