Předmět Molekulární metody v zoologii (KZO / 149)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KZO / 149 - Molekulární metody v zoologii, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
ObsahKurz je tvořen několika tematickými bloky zaměřenými na pochopení a osvojení si základních i pokročilých molekulárních metod používaných v zoologickém výzkumu a na hrubé zpracování jimi generovaných dat. Technologické přestávky během praktické výuky jsou vyplňovány teoretickými přednáškami k danému tématu. Student si podle svých potřeb a stupně pokročilosti vybírá k absolvování libovolný počet okruhů:A. Základní metody: 1. Izolace DNA, kontrola kvality a kvantity; 2. Elektroforéza na agarózovém gelu; 3. PCR amplifikace standardních fylogenetických/mikrosatelitních markerů; 4. Purifikace PCR produktů, příprava sekvenační reakceB. Generování genomických SNP markerů metodou RAD (Restriction-site Associated DNA) sekvenování: 1. ddRAD jako moderní metoda pro populačně-genetické, fylogenetické a fylogeografické analýzy; 2. Vytvoření ddRAD DNA knihovny pro sekvenování na platformě IlluminaC. Metagenomická analýza (barcoding) - sekvenování na platformě Roche 454 (GS Junior Plus): 1. Vytvoření DNA knihovny pro 454 (amplikon); 2. Emulzní PCR, purifikace a obohacení produktu; 3. Nasazení sekvenačního běhu - příprava sekvenační PTP destičky, příprava a spuštění přístroje. Tento okruh je možné absolvovat v pokročilejší a rozsáhlejší verzi jako samostatný kurz KBE/121.D. Pomocné techniky používané při vytváření DNA knihoven pro NGS sekvenování: 1. Analytické techniky (Bioanalyzer, Qubit, E-gel); 2. Purifikační a separační techniky (AMPure XP beads, DynaBeads); 3. Velikostní selekce DNA na elektroforetické platformě Pippin PrepE. Primární zpracování získaných ddRAD dat v programu Stacks: 1. Základní příkazy OS UNIX a spouštění úloh v Metacentru; 2. Kvalitativní filtrace získaných sekvencí; 3. Příprava vstupních dat a tvorba jednoduchých skriptů pro spuštění programu Stacks; 4. Úprava výsledné SNP matice
Literatura
Bude upřesněna před zahájením kurzu.
Požadavky
Periodicita: běží v akademickém roce začínajícím sudým letopočtem (např. 2014/2015)
Garant
RNDr. Ing. Lubomír Piálek, Ph.D.
Vyučující
RNDr. Ing. Lubomír Piálek, Ph.D.RNDr. Ing. Lubomír Piálek, Ph.D.