Předmět Molekulární ekologie (KZO / 412)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KZO / 412 - Molekulární ekologie, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášky:Podstata molekulární ekologie, otázky a jevy studované v rámci molekulární ekologie: Populační struktura (základy populační genetiky), speciace, migrace, reprodukční strategie (inbreeding, poměr pohlaví), demografické jevy (expanze, bottlenecky).Molekulární zdroje informací (markery) a metody jejich zpracování: Charakteristika, dostupnost a informační hodnota molekulárních markerů (sekvence DNA, jaderná vs. mitochondriální/plastidová DNA, kódující vs. nekódující DNA, mikrosatelity, AFLP, SNP). Statistické vs. simulační analýzy dat (MCMC).Základy populační a evoluční genetiky: Vnitrodruhová genetická a fenotypová variabilita, Hardy-Weinbergova rovnováha, neutrální teorie, genetický drift, molekulární hodiny. Měření genetické variability v populacích a mezi populacemi, metapopulace.Genealogické vs. fylogenetické vztahy: Štěpení populací a jejich genetická diferenciace, koalescenční teorie, ancestrální polymorfismus, concerted evolution, hybridizace.Demografické jevy: Efektivní velikost populace, expanze populací, bottleneck, migrace. Kin selection. Reprodukční strategie: poměr pohlaví, "mating" systém, inbreeding, sociální a hnízdní paraziti.Speciace, fylogeografie, koevoluce: Speciační proces, vymezení druhu, šíření druhů a metody fylogeografické analýzy, introdukce. Závislost genetické diverzity na geografické vzdálenosti, nested clade analysis. Koevoluce mezi nepříbuznými druhy organizmů a metody analýzy.Genomové mapování: Detekce genů podléhajících pozitivní a "balancing" selekci. Geny ovlivňující kvantitavní znaky (QTL). Ekologicky podmíněné změny v genomech (degenerace genomů, horizontální přenos genetické informace).Aplikované aspekty molekulární ekologie: Studium biodiverzity, barcoding, molekulární ekologie v ochraně ohrožených organismů, molekulární mikrobiologie a epidemiologie.Nové metody a programy v molekulární ekologii.Obsah cvičení:Praktická demonstrace metod a software k problémům jednotlivých přednášek

Literatura

Beebee T., Rowe G.: Molecular evolution. Oxford university press, 2005. Christansen FB. : Theories of population variation in genes and genomes. Princeton university press, 2008. Mayhew P.: Discovering evolutionary ecology. Oxford university press, 2006. Templeton A.: Population genetics and microevolutionary theory. Wiley-Liss, 2006.

Požadavky

Periodicita: v každém akademickém roce.Speciální kurz doktorského studijního oboru Entomologie a Botanika

Garant

prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Vyučující

prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.RNDr. Jan Štefka, Ph.D.