Předmět Molekulární fylogenetika (KZO / 593)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KZO / 593 - Molekulární fylogenetika, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Obsah přednášek:Molekulární data ve fylogenetice. (Podstata a využití fylogenetických studií. Typy molekulárních dat a fylogenetická informace v molekulárních datech. Zpracování molekulárních dat - fenetika vs. fylogenetika. Fylogenetické stromy: topologie stromů a jejich interpretace, monofyletické, parafyletické a polyfyletické taxony. Homologie, konvergence, paralelismy a homoplasie v molekulárních datech).Kladistika a parsimonie. (Princip kladistiky, podstata a algoritmy parsimoniálního zpracování dat).Distanční metody. (Podstata molekulární evoluce, měření rychlosti molekulárních změn, evoluční modely, způsoby využití distančních dat).Pravděpodobnostní metody. (Princip metod Maximum likelihood a Bayesiánské analýzy, identifikace optimálních evolučních modelů pro použitá data).Příprava matic. (Výběr taxonů, zvolení outgroup, hledání homologie v molekulárních datech - alignování DNA a proteinů, kombinování dat do matice. Kódující a nekódující geny. Nejčastěji využívané geny ve fylogenetice. Problém homologie v molekulární fylogenetice - genové rodiny, paralogy).Testování stromů. (Konsensus, bootstrap, Jackknife, Bremerův index, délka vnitřních větví, likelihood ratio testy).Vnitrodruhová "fylogeneze" a genetická struktura populace. (Geny v populaci - genový polymorfismus, duplikace genů, concerted evolution. Haplotypové sítě, koalescenční teorie.).Aplikace fylogenetických analýz. (Historická biogeografie, koevoluce).Další způsoby analýzy molekulárních dat (Spektrum, spektrální dekompozice, nesekvenční data v molekulární fylogenetice - mobilní elementy, sekundární struktura, duplikace a splývání genů, multilokusové fragmentační analýzy- RFLP, RAPD, AFLP, mikrosatelity).Obsah cvičení:Procvičování probrané látky na počítačích

Literatura

D. Graur, W. H. Li Fundamentals of Molecular Evolution. Sunderland Massachusetts, 1999. D. M. Hillis, C. Moritz and B. K. Mable Molecular Systematics. Sinauer Assocites, Inc., Sunderland Massachusetts, 1996. Další materiály (včetně obrázků) je také na adrese http://www. natur. cuni. cz/. flegr/. J. C. Avise Molecular Markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York, 1993. W. H. Li Molecular Evolution. Sinauer Assocites, Inc., Sunderland Massachusetts, 1997.

Požadavky

Periodicita: běží v každém akademickém roceSpeciální kurz doktorského studijního oboru Molekulární a buněčná biologie a genetika, Entomologie a Botanika

Garant

prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Vyučující

prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.RNDr. Filip Husníkprof. RNDr. Václav Hypša, CSc.RNDr. Eva Nováková, Ph.D.