Předmět Bioinformatika (UCH / BII)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu UCH / BII - Bioinformatika, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (JU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. denCo je bioinformatika, 10 největších výzev v bioinformatice, strom života, od DNA k funkci buňky, přehled: biologická informace a metody bioinformatiky, historie bioinformatiky. Database, NCBI, Entrez, Genebank.2. denAminokyseliny a jejich vlastnosti, proč porovnávání sekvencí, seřazení párových sekvencí, Dayhoffovy přijaté bodové mutace, PAM matrice, BLOSUM matrice, výpočet skóre seřazení, dot ploty, dynamické programování podle Needlemana-Wunsche, lokální seřazení podle Smith Watermana, heuristické metody FASTA a BLAST.3. denBLAST, velikost slova, očekávaná hodnota, práh, násobná seřazení, proteinové domény a motivy, proteinová datová banka, typy proteinových representací.4. denFylogenetické stromy, pozadí, hypotéza molekulárních hodin, rychlost záměny nukleotidů, doba divergence, metody konstrukce stromu, bootstrapping.5. denPředpověď struktury proteinu, sekundární struktura proteinu, předpověď sekundární struktury, Chou-Fassman, sekundární struktura a páteřní konformace, terciární struktura proteinů a sbalení (foldy), trojrozměrné strukturní porovnání, střední kvadratická odchylka, teplotní faktor. Modelování struktury proteinů, Levinthalův paradox, energetická hyper plocha, teorie silových polí (Force Field Theory), homologní modelování, hlavní aspekty, fragmentově založené a restrikčně založené přístupy, modelování smyček, prostorová omezení, verifikace foldů.6. denMolekulární dynamika, Verletův algoritmus, lipidové membrány, okrajové podmínky. Modeller-ovo homologní modelování, konstrukce jednoduchého modelu, zlepšení oblastí smyček, přesnost modelu.7. denMolekulární dynamika v Yasaře, konstrukce solných můstků, konstrukce disulfidických můstků, přesná simulace proteinu ve vodném roztoku.8. denDokování (flexibilní, statistické), genové algoritmy, metodou Monte-Carlo simulované žihání.

Literatura

A.D. Baxevanis, B.F. Fr. Ouellette. Bioinformatics: A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd edition. John Wiley and Sons, NY, TORONTO, 2004. R. Durbin, S. R. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1998. Arthur M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University press, 2002.

Požadavky

Speciální kurz doktorského studijního oboru Fyziologie a vývojová biologie a Molekulární a buněčná biologie a genetika

Garant

prof. RNDr. Rüdiger Horst Ettrich, Ph.D.

Vyučující

prof. RNDr. Rüdiger Horst Ettrich, Ph.D.