Předmět Bioinformatika II (IV108)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu IV108 - Bioinformatika II, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Na konci kurzu budou studenti:podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupechdokáží pracovat s prostorovými modely molekulstudenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi- Zarovnáni dvou sekvencí- Zarovnáni mnoha sekvencí- Hledání výrazů a příbuzných sekvencí- Fylogenetická příbuznost- Predikce genů- Analýza genomu- Sekundární struktura RNA- Sekundární struktura proteinů2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat- Hledání sekundárních struktur- Hledáni kontaktů- Pravidla skládání proteinů- Popis topologie proteinů- Identifikace domén- Předpovídání terciární struktury proteinů- Kvantitativní srovnávání struktur3. Biologický jazyk- segmentace sekvencí- statistická analýza biologického jazyka- pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

Introduction to bioinformatics algorithms. ISBN 9780262101066. infoUnderstanding bioinformatics. Edited by Marketa Zvelebil - Jeremy O. Baum. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 978-0-8153-4024-9. info

Požadavky

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Garant

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.

Vyučující

Ing. Matej Lexa, Ph.D.