Předmět Vybrané aplikace informatiky v biologii (IV121)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu IV121 - Vybrané aplikace informatiky v biologii, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Předmět si klade za cíl přemostit vybrané teoretické problémy z oblasti informatiky s praktickými potřebami biologů, zejména v oblasti genetiky, molekularni biologie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a systémové biologie. Cílem je oslovit studenty přírodních věd a přiblížit jim teoretické pozadí vybraných aplikací informatiky a výpočetní techniky v biologii.Absolvováním kurzu bude student schopen:porozumět významu informatiky pro biologii a biomedicínské obory;vytvořit si ucelený přehled relevantních nástrojů a technik aplikované informatiky;základní znalost každého z probíraných nástrojů (schopnost spustit a mít ponětí o základních funkcích).
Osnova
1. Úvod do bioinformatiky a systémové biologie2. Diskrétní dynamické modely a jejich analýza; cvičení: NetLogo, SPiM3. Spojité dynamické modely a jejich analýza; cvičení: Stella, COPASI4. Regulační, metabolické a signální sítě; cvičení Cytoscape, Biocarta5. Podobnostní metriky a vyhledávání; cvičení: MS, VMATCH6. Práce se sekvenačnímy daty z NGS7. 3D geometrie, CSG; cvičení: PovRay, Pymol/Chimera8. Závěrečná přednáška a diskuse
Literatura
KLIPP, Edda. Systems biology in practice :concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465 s. ISBN 3-527-31078-9. info
Požadavky
Předmět nemá žádné specifické předpoklady, cílem je seznámit studenty a mladé vědce oborů živých věd s možnostmi aplikací informatiky.
Garant
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D.RNDr. David Šafránek, Ph.D.Mgr. Sven Dražan