Předmět Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (PB051)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu PB051 - Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Student bude schopen:zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu;získat a připravit potřebná data;provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Osnova
Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:Bioinformatika:operace na genomech, používání Markovových modelů.Systémová biologie: statická analýza biologických sítí,rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
Literatura
doporučená literaturaKLIPP, Edda. Systems biology in practice :concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465 s. ISBN 3-527-31078-9. infoneurčenoUnderstanding bioinformatics. Edited by Marketa Zvelebil - Jeremy O. Baum. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 978-0-8153-4024-9. infoSystems biology :principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007. 244 s., [2. ISBN 978-0-8247-2520-4. infoStochastic Modelling for Systems Biology. ISBN 9781584885405. infoComputational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001. xx, 336 s. ISBN 0-262-52423-6. info
Požadavky
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
Garant
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D.RNDr. David Šafránek, Ph.D.Mgr. Vojtěch Bystrý