Předmět Laboratoř systémové biologie (PV225)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu PV225 - Laboratoř systémové biologie, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Po absolvování kurzu studenti získají následující dovednosti:základní znalosti fyziologie rostlin a metabolismu bakterií;přehled experimentálních měřících technik;praktické schopnosti měření a zpracování naměřených dat.

Osnova

I MetabolomikaI.1 Metabolomika (Úvod; Metabolity; Fingerprinting a footprinting metabolitů; Profilování metabolitů; Cílená analýza metabolitů)I.2 Role metabolomiky v systémové biologii (Mikrobiální metabolomika; Rostlinná metabolomika; Humánní metabolomika)I.3 Příprava vzorku pro metabolomické studie (Odběry vzorku; Zastavení metabolismu)I.4 Metody používané v metabolomice (Nukleární magnetická rezonance (NMR); Hmotnostní spektrometrie (MS); Kapalinová chromatografie (LC); Plynová chromatografie (GC); Kapilární elektroforéza (CE))I.5 Analýza datII FotobiologieII.1 Fotochemické procesy fotosyntézy (Vymezení fotochemických procesů; Struktura a funkce thylakoidní membrány chloroplastu; Fotosystém I, fotosystém II, světlosběrné komplexy; Lineární a cyklický transport elektronů; Doprovodné fotoochrannéprocesy)II.2 Role fotosyntézy v systémové biologii (Fyzikální základy fotosyntézy; Biochemické základy fotosyntézy - modely; Fotosyntéza na různých hierarchických úrovních - upscaling)II.3 Teoretické základy fluorometrie (Zdroje fluorescenční emise z molekul chlorofylu; Principy měření fluorescence chlorofylu)II.4 Metody indukované fluorescence chlorofylu ve studiu fotosyntézy (Fluorescenční indukční jev (OJIP); Kautského křivka fluorescence chlorofylu; Kvantové výtěžky, analýza zhášecích mechanismů; Absorpční a emisní křivkyII.5 Sběr a analýza fluorometrických dat

Literatura

Metabolomics :a powerful tool in systems biology. Edited by Jens Hiriis Nielsen - Michael C. Jewett. Berlin: Springer, 2007. xv, 284 p. ISBN 978-3-540-74718-5. infoMetabolome analyses :strategies for systems biology. Edited by Seetharaman Vaidyanathan - George G. Harrigan - Royston Goodacre. New York: Springer, 2005. xix, 390 s. ISBN 0-387-25239-8. infoMetabolomics :the frontier of systems biology. Edited by Masaru Tomita - Takaaki Nishioka. Tokyo: Springer, 2005. viii, 256. ISBN 4-431-25121-9. info

Požadavky

Předmět nemá žádné specifické prerekvizity. Předpokládán je zájem studentů o mezioborové disciplíny kombinující informatiku a biologii.

Garant

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.

Vyučující

prof. Ing. Miloš Barták, CSc.prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.RNDr. David Šafránek, Ph.D.Ing. Jan Červený, Ph.D.