Předmět Statistické zpracování biosystematických a taxonomických dat (Bi6590)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi6590 - Statistické zpracování biosystematických a taxonomických dat, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

V tomto předmětu se seznámíte s hlavními statistickými metodami (hlavně těmi vícerozměrnými) se kterými se můžete setkat při řešení vašich biosystematických, taxonomických a fylogenetických studií. Hlavním cílem je bez zbytečné matematiky vás naučit o jednotlivých metodách přemýšlet a aktivně je používat při plánovaní a hodnocení svých pokusů, analýz a sběrů. Každou metodu si budete mít možnost na vlastní kůži vyzkoušet samostatně v cvičeních následujících za teoretickými hodinami hodinami.Měli by jste se naučit jak si správně a efektivně klást otázky a tvořit hypotézy; kolik, proč, odkud a jaké vzorky sbírat, kolik a proč čeho měřit. Naučíte se dívat se na vícerozměrná data pomocí ordinačních diagramů (PCA, PCoA, CVA, NMDS), testovat vzájemně různé druhy vícerozměrných dat (Mantel test, Procrustes analysis), vytvářet a testovat klasifikace vašich vzorků a hledat nejvhodnější určovací/diskriminující znaky skupin vhodné např. do určovacích klíčů (discriminant analysis). Dozvíte se jak vytvářet dendrogramy a evoluční/fylogenetické stromy z morfologických a molekulárních/sekvenčních dat (UPGMA, NJ trees, LS trees, minimum evolution trees, maximum parsimony), co se dá z jednotlivých stromů zjistit, jak to interpretovat a jak testovat evoluci znaků.

Osnova

1. Základní členění metod a typů dat; základní popisná statistika2. Jednoduché statistické testy I, pravděpodobnost, významnost3. Jednoduché statistické testy II, korelace, regrese, plánování experimentů, problém pseudoreplikace, tvoření hypotéz4. Koeficienty podobnosti, matice podobnosti, testování maticových dat5. Ordinační metody I – základní rozdělení, tvorba ordinačního diagramu6. Ordinační metody II – interpretace diagramů, testování shluků, porovnávání ordinací7. Shluková analýza I – rozdělení metod, shlukovací algoritmy, konstrukce stromů8. Shluková analýza II – testování kvality stromů, porovnávání stromů a jejich interpretace9. Diskriminační analýza, výběr nejvhodnějších určovacích znaků10. Evoluční stromy I – fylogenetický přístup, fylogenetické termíny a popis fylogenetického stromu, alignment11. Evoluční stromy II – popis základních metod konstrukce stromů (maximum likelihood, parsimony), testování kvality stromů, interpretace stromů12. Evoluční stromy III – testování evoluce znaků, molekulární hodiny13. Statistika a fylogeneze na internetu, grafická prezentace výsledků

Literatura

doporučená literaturaMarhold K, Suda J. (2002): Statitické zpracování mnohorozměrných dat (Fenetické metody). Karolinium, Praha.Sneath PHA, Sokal RR (1973): Numerical taxonomy. W.H. Freeman, San FranciscoWebb CO., Ackerly DD., Kembel SW. (2008): Phylocom: software for the analysis of phylogenetic community structure and trait evolution. Bioinformatics 24: 2098-2100.Garland T. et al. (1992): Procedures for the analysis of comparative data using phylogenetically independant contrasts. Systematic Biology 41: 18-32.Podani J. (2000): Introduction to the exploration of multivariate morphological biological data. Backhuys Publishers, Leiden.neurčenoLegendre P, Legendre L. (1998): Numerical ecology. Elsevir, Amstrdam.

Požadavky

( bi2030 Fylog. a diver. vyš. rostlin && bi2030c Fylog. a div. vyš. rostl. -cv. )&& bi3110 Vědecká prezent. v bot. a zool

Garant

Mgr. Petr Šmarda, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Petr Šmarda, Ph.D.