Předmět Analýza dat v ekologii společenstev v programu R (Bi7550)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi7550 - Analýza dat v ekologii společenstev v programu R, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci. Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci). Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA). Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance. Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů). Navíc: vztah mezi funkčními vlastnostmi druhů a prostředím (analýza vážených průměrů, problém čtvrtého rohu (fourth-corner problem), RLQ). Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky).Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas. Studijní materiály budou tato témata zahrnovat v každém případě.

Literatura

Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdfRoberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/BORCARD, Daniel, Francois GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011. xi, 306 p. ISBN 9781441979759. info

Požadavky

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Garant

Mgr. David Zelený, Ph.D.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D.