Předmět Genetické metody v zoologii (Bi7900)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi7900 - Genetické metody v zoologii, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Tento předmět je určen především pro studenty magisterského, případně doktorského studia a měl by jim podat základní přehled o současných molekulárně-genetických metodách, které jsou běžně používány v zoologickém či evolučním výzkumu. Po jeho ukončení bude student schopen teoreticky i prakticky zvládnout následující témata: Analýza fenotypu (epigenetické znaky, kvantitativní znaky, geometrická morfometrie); Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, "vybarvování" chromozomů); Genotypizace DNA markerů (izolace DNA, PCR, real-time PCR, Sangerovo sekvenování, minisatelitový fingerprinting, RAPD, AFLP, analýza mikrosatelitů, LINE, SINE, SNP analýza - RFLP, DGGE, TGGE, SSCP, klonování, aj.); Metody high-throughput analýzy (microarrays, transkriptomika, next-generation sekvenování); Základní práce s genetickými daty (popisná analýza genetické variability, genetické databáze - BLAST, Dryad atd.).
Osnova
Genetické metody v zoologii (sylabus přednášek a cvičení)Josef Bryja (90%), Miloš Macholán (10%)1. Úvod (význam genetických metod v zoologii a evoluční biologii; základní přehled metod, atd.)2. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků)3. Cytogenetika (analýza karyotypu, proužkování, FISH, „painting“) a elektroforéza proteinů4. Analýza DNA I (izolace DNA, genetické markery - jaderná vs. mimojaderná DNA, PCR, real-time PCR, Sangerovo sekvenování)5. Analýza DNA II ("single-locus" DNA markery: mikrosatelity, LINE, SINE)6. Analýza DNA III (SNP a jejich analýza: RFLP, DGGE, TGGE, SSCP, klonování, nové techniky SNP genotypizace - SNP chipy atd.)7. Analýza DNA IV ("multi-locus" DNA markery: minisatelitový fingerprinting, RAPD, AFLP)8. Analýza DNA V (NGS = "next generation sequencing")9. Analýza genové exprese (microarrays, qPCR, transcriptomika)10. Základní manipulace s genetickými daty (datové formáty, alignování sekvencí, základní práce s databázemi - GenBank, NCBI, BLAST, Dryad, aj.)Praktické cvičení v laboratoři (v bloku na konci kurzu) - extrakce DNA, PCR, qPCR, elektroforéza DNA, genotypizace mikrosatelitů, Sangerovo sekvenování, analýza amplikonů metodami NGS
Literatura
ZIMA, Jan. Genetické metody v zoologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, 2004. 239 s. ISBN 80-246-0795-6. info
Garant
doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Vyučující
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc.doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.