Předmět Molekulární fyziologie genomu (Bi8141)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi8141 - Molekulární fyziologie genomu, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Hlavní cíle kurzu "Molekulární fyziologie genomu" vedou k porozumění korelací mezi strukturou a funkcí chromatinu. Na konci kurzu by měli studenti pochopit základní principy uspořádání chromatinu vyššího řádu v kontextu s jadernými procesy, jako je replikace, transkripce, sestřih a DNA reparace. Navíc by studenti měli pochopit k jakým změnám dochází během patofyziologických procesů, včetně nádorové transformace buněk. Přednášky z "Molekulární fyziologie genomu" jsou rovněž zaměřeny na problematiku epigenetických regulací v genomu, včetně DNA metylace a modifikace histonů. Po absolvování kurzu by studenti měli být schopni vysvětlit vztahy mezi histonovým kódem a genovou expresí. V tomto kurzu je biologie chromatinu vysvětlována z pohledu základního výzkumu a studenti mají možnost se seznámit s nejnovějšími poznatky a trendy v tomto vědním oboru.

Osnova

1. Buněčné jádro, jadérko – kompartmentalizace interfázních jader2. Transkripce, RNA procesy a RNA interference3. Struktura chromatinu a transkripce4. Struktura chromatinu a buněčná diferenciace5. Struktura chromatinu a apoptóza6. Epigenetické aspekty chromatinu7. Cytoskelet, laminy a kontroverzní jaderná matrix8. BAC/PAC knihovny a příprava DNA sond pro FISH techniku9. Konfokální mikroskopie a relevantní metody10. Struktura chromatinu a epigenetické změny u nádorových buněk11. Cytometrie s vysokým rozlišením – princip, statistické a bioinformatické analýzy12. Microarray technologie13. Reparační mechanismy DNA14. Zápočtový týden- J.G. Mendel a jeho význam, návštěva MendeliánaLiteratura:1. Cremer, T. and Cremer, C. (2001) Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells. Nat. Rev. Genet. 2, 292-301.2. Rice, J.C. and Allis, C.D. (2001). Histone methylation versus histone acetylation: new insights into epigenetic regulation. Curr. Opin. Cell Biol. 13, 263-273.3. Francastel, C., Schubeler, D., et al. (2000) Nuclear compartmentalization and gene activity. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 1, 137-143.4. Bártová and Kozubek (2006) Nuclear architecture in the light of gene expression and celldifferentiation studies, Biol Cell, 98:323-336.5. Bártová E, Krejčí J, et al. Histone modifications and nuclear architecture: a review. J Histochem Cytochem. 2008;56(8):711-721.Další práce na http://www.ibp.cz/labs/LMCC/publications.php

Literatura

GAŇOVÁ, Alena , Emilie LUKÁŠOVÁ , Stanislav KOZUBEK , Michal KOZUBEK , Raisa GOVORUN, Irena KOUTNÁ , Eva BÁRTOVÁ , Magdalena SKALNÍKOVÁ , Pavla JIRSOVÁ , Renata PASEKOVÁ a Evgenij KRASAVIN. Exchange aberrations among 11 chromosomes of human lymphocytes induced by gamma-rays. International Journal of Radiation Biology, 2001, roč. 77, č. 4, s. 419-429. ISSN 0955-3002. abstract infoBÁRTOVÁ, Eva , Stanislav KOZUBEK , Pavla JIRSOVÁ , Michal KOZUBEK , Hana GAJOVÁ , Emilie LUKÁŠOVÁ , Magdalena SKALNÍKOVÁ , Alena GAŇOVÁ , Irena KOUTNÁ a Michael HAUSMANN . Nuclear structure and gene activity in human differentiated cells. Journal of Structural Biology, San Diego,USA: Academic Press, 2002, roč. 139, č. 2, s. 76-89. ISSN 1047-8477. infoKOZUBEK, Michal , Stanislav KOZUBEK , Emilie LUKÁŠOVÁ , Andrea MAREČKOVÁ , Eva BÁRTOVÁ , Magdalena SKALNÍKOVÁ a Adriana JERGOVÁ . High-resolution cytometry of FISH dots in interphase cell nuclei. Cytometry, New York: International Society for Analytical Cyt, 1999, roč. 36, č. 4, s. 279-293. ISSN 0196-4763. infoJANSOVÁ, Eva , Petr KRONTORÁD , Zbyněk SVOBODA , Tomáš PAVLÍK , Irena KOUTNÁ , Michal KOZUBEK , Jan ŽALOUDÍK a Stanislav KOZUBEK . Nové možnosti v diagnostice kolorektálního karcinomu s využitím technologie cDNA mikročipů. Klinická onkologie, Brno: ApS Brno, spol.s.r.o., 2004, roč. 6/17, č. 6, s. 203-207. ISSN 0862-495X. infoONDŘEJ, Vladan, Stanislav KOZUBEK , Emilie LUKÁŠOVÁ, Pavel MATULA , Petr MATULA a Michal KOZUBEK . Dynamics of HP1 transgene loci movement and silencing in living cells. In Biophysics of the Genome. First Edition 2004. Brno: Masaryk University, 2004. s. 66-71, 6 s. ISBN 80-210-3560-9. infoFALK, Martin , Emilie LUKÁŠOVÁ , Stanislav KOZUBEK a Michal KOZUBEK . Topography of genetic elements of X-chromosome relative to the cell nucleus and to the chromosome X territory determined for human lymphocytes. Gene, Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 292, č. 1, s. 13-24. ISSN 0378-1119. infoBÁRTOVÁ, Eva , Stanislav KOZUBEK , Hana GAJOVÁ , Pavla JIRSOVÁ , Jitka ŽLŮVOVÁ , Renata TASLEROVÁ , Irena KOUTNÁ a Michal KOZUBEK . Cytogenetics and cytology of retinoblastomas. J Cancer Res. Clin.Oncol., Berlin: Springer-Verlag, 2003, roč. 129, č. 2, s. 89-99. ISSN 0171-5216. info

Požadavky

Kurz je otevírán pro studenty se zájmem o biologii chromatinu.

Garant

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Stanislav Kozubek, DrSc.doc. RNDr. Eva Bártová, Ph.D.