Předmět Vizualizace biologických dat (Bi8190)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi8190 - Vizualizace biologických dat, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Tento kurz si klade dvojí cíl: naučit studenty základy prezentace biologických dat v grafické podobě včetně vytváření efektních a přehledných grafů, a prohloubit jejich schopnost v používání programu R pro jiné než statistické účely.

Osnova

1) Základy práce s programem R.2) Základní pravidla pro vizualizaci dat - různé typy dat vyžadují různé typy grafů. Co v obrázcích nesmí chybět a co tam naopak nemusí být? Jak vytvořit jednoduché grafy (boxploty, histogramy, scatterploty) v programu R?3) Barvy - které kombinace nelze použít, jaké barvy zvolit pro tisk nebo pro osoby s poruchou barevného vnímání, jak barvu v Rku namíchat, kdy barvu používat a kdy ne?4) Formáty obrázků - použít raději jpg, bmp, tiff, nebo snad pdf či eps? Jaké jsou mezi formáty rozdíly a jak v eRku tyto formáty vytvořit? Které formáty jsou vhodné pro jaké účely?5) Pokročilejší zobrazení dat - trellis diagramy a 3D grafika.6) Jak vytvořit grafy podle vlastních představ? (takříkajíc from scratch, z náčrtku).

Literatura

R graphics. Edited by Paul Murrell. Boca Raton, Fla.: Chapman & Hall/CRC, 2006. xix, 301 p. ISBN 0849316227. infoURL: http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html

Požadavky

Kurz Vizualizace biologických dat má dva základní cíle: 1) seznámit studenty se základy a moderními trendy ve vizualizaci vědeckých dat (jak by měl správně vypadat obrázek ve vědecké publikaci, aby byl přehledný a informativní zároveň, jaké jsou možnosti zobrazení různých typů dat, jaké jsou vhodné elektronické formáty atd.), a 2) naučit studenty, jak jednotlivé jednodušší i složitější grafy vytvořit v programu R. Data se vyplatí zobrazit i před vlastní analýzou, aby jsme viděli, co v datech "vlastně je". Vhodné zobrazení výsledků analýzy je zase důležité proto, že obrázky jsou v publikacích většinou to, co čtenáře zaujme (nebo zarazí) na první pohled. Ve své podstatě je kurz poměrně technicky zaměřen a probíhá jako praktické cvičení u počítače se spuštěným eRkem; teoretické části přednášky jsou ihned následovány praktickým cvičením, ve kterém si studenti hned vyzkouší, jak věci fungují. Vhodnou prerekvizitou kurzu je Bi7560 Úvod do R, není však podmínkou - na úvod kurzu budou studenti intenzivní formou seznámeni se základy práce v programu R. Kurz se doplňuje s kurzy Bi7920 Zpracování biologických dat a Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R, které jsou také zaměřeny na práci s eRkem (zatímco Bi7920 Zpracování biologických dat se věnuje analytickému zpracování jednorozměrných dat a Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R se zabývá daty mnohorozměrnými, kurz Vizualizace je zaměřen na grafickou prezentaci dat). Výhodou je také předchozí absolvování kurzu Bi5040 Biostatistika - základní kurz.

Garant

Mgr. David Zelený, Ph.D.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D.