Předmět Molekulární diagnostika mikroorganismů (Bi8360)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi8360 - Molekulární diagnostika mikroorganismů, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Kurz je zaměřen na výklad základních metod běžně používaných promolekulární diagnostiku mikroorganismů. Je určen všem studentůmbiologie, kteří budou v pracovat v laboratořích základního neboaplikovaného výzkumu. Důraz je kladen na pochopení principů molekulárně diagnostických metod a způsobů jejich praktického využití. Po absolvování kurzu by měli studenti znát principy metod a získat tak schopnost provádět kvalifikovaná rozhodnutí o tom, jaké metodické přístupy zvolit pro identifikaci a typizaci mikroorganismů na molekulární úrovni.

Osnova

1. Struktura genomu jednotlivých skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby). Typy polymorfizmů v genomech.2. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii mikroorganismů. Přímé a nepřímé diagnostické metody.3. Identifikace bakterií v klinické mikrobiologii. Využití 16S rRNA a ortologních genů. Chemotaxonomické metody. Metody využívající MALDI-MS.4. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- molekulární techniky bez amplifikace DNA. Genomové typizační techniky. Pulzní gelová elektroforéza. Analýza mobilních genetických elementů.5. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- typizace založená na PCR. PCR-typizační techniky založené na náhodných sekvencích, heterogenitě mezi restrikčními místy, roztroušených repetitivních elementech a variabilitě tandemových repeticí.6. Přímé metody pro typizaci kmenů. Jednolokusová a multilokusová sekvenční typizace.7. Analýza podobnosti a příbuznosti v molekulární epidemiologii. Metody klasifikace a shlukové analýzy. Analýza rozlišovací schopnosti a reprodukovatelnosti. Počítačová analýza příbuznosti patogenních mikroorganismů.8. Diagnostické aplikace pro detekci a charakterizaci významných bakteriálních patogenů (Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Helicobacter pylori, Staphylococcus aureus) a houbových patogenů.9. Molekulární epidemiologie infekcí spojených s nemocniční péčí. Gram-negativní bakteriální infekce. Gram-pozitivní bakteriální infekce.10. Molekulární přístupy pro analýzu antibiotické rezistence.11. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii nejvýznamnějších virů (DNA-virů bakterií, herpesvirů, adenovirů, RNA-virů, Levivirů, Lentivirů).12. Diagnostika a genotypizační metody analýzy genomu DNA a RNA virů (RFLP, SSCP,PCR-RFLP analýza, sekvencování genomu, metody HMA a HTA). Molekulární analýza segmentovaných genomů RNA virů.13. Genetika hostitele a farmakogenomika. Aplikace technologie microarrays.14. Laboratorní standardizace, správná laboratorní práce, standardy pro kvalitu kontroly a monitorování. Vybavení molekulárně mikrobiologické laboratoře.

Literatura

doporučená literaturaMolecular microbiology :diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011. xvi, 936 s. ISBN 9781555814977. infoPCR Protocols for Emerging Infectious Diseases :a supplement to Diagnostic molecular microbiology : principles and applications. Edited by David H. Persing. Washington: ASM Press, 1996. xii, 180 s. ISBN 1-55581-108-6. infoPERSING, D.H., T.F. SMITH, F.C. TENOVER a T.J. WHITE. Diagnostic molecular microbiology. Washington, D.C.: ASM Press, 1993. 642 s. ISBN 1-55581-056-X. info

Požadavky

( Bi4020 Molekulární biologie || Bi4010 Základy molekulární biologie ) && ( Bi2050 Základy obecné mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi4090 Obecná mikrobiologie )Základní znalost o struktuře a funkci nukleových kyselin a proteinů.

Garant

prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.

Vyučující

prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.