Předmět Strukturní biologie (Bi9410)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu Bi9410 - Strukturní biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určujízískat struktury biomolekul z vhodných databázíidentifikovat možné chyby ve struktuře proteinůpredikovat struktury biomolekul a jejich komplexůanalyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitěposoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.V rámci přednášek budou představena následující temata:1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Požadavky

Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Garant

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.Mgr. Martina Damborská