Předmět Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky (C2130)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C2130 - Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti chemoinformatiky a bioinformatiky.Základní ideou předmětu je spojit pojetí informace v chemoinformatice, kde klíčovým objektem jsou malé a střední molekuly a předpověď jejich vlastností, s pojetím informace v bioinformatice, kde objektem zájmu jsou především biopolymery, zejména bílkoviny a nukleové kyseliny.Na konci tohoto kurzu bude student schopen:Porozumět a reprezentovat 2-D a 3-D struktury biomolekul v počítači;Pracovat s metodami a s technologiemi, jak se z informace o genomu dostat až k funkční předpovědiůPorozumět základním přístupům předpovědi vztahu struktura – aktivita – biologická funkce
Osnova
1.Co je chemoinformatika a bioinformatika, souvislost a rozdílnost disciplín2.Reprezentace a manipulace s dvoudimenzionálními (2-D) strukturami3.Způsoby vyjádření 3-D struktury molekuly a molekulárního systému4.Molekulární deskriptory5.Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou látek – QSAR6.Metody pro měření molekulární podobnosti7.Molekulárně biologické databáze. Vyhledávání genů8.Přiložení páru sekvencí (sequence alignment). Principy, programy. Vícesekvenční příložení (multiple sequence alignment)9.Predikce genů, fylogenetická evoluční analýza10.Predikce sekundárních struktur proteinů, základní strukturní 2D a 3D motivy11.Vztahy sekvence-funkce, sekvenční homologie, konzervované úseky, proteinové rodiny12.3-D topologie proteinů, předpověď 3-D struktury, threading13.Metody analýzy velkého množství dat, virtuální prohledávání
Literatura
LEACH, Andrew R. a Valerie J. GILLET. An introduction to chemoinformatics. Dordrecht: Springer, 2005. xv, 259 s. ISBN 1-4020-1347-7. infoChemoinformatics :theory, practice, & products. Edited by Barry A. Bunin. Dordrecht: Springer, 2007. xi, 295 s. ISBN 9871402050008. infoXIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006. xi, 339 s. ISBN 0-521-60082-0. infoMOUNT, David W. Bioinformatics :sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. xii, 692 s. ISBN 0-87969-712-1. info
Garant
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.