Předmět Bioinformatika v praxi (C2135)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C2135 - Bioinformatika v praxi, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Na konci tohot kurzu bude student schopen:vyhledavat informace a pracovat s biologickymi databazemi; provadet samostatne bioinformatickou analyzu dat. Pripravit experimentalni projekt zamerny na klonovani proteinu.
Osnova
Vyhledávání informací. Vyhledávání informací obecně, databáze biologických dat, instituce pro správu bioinformatických datSekvenční přiložení (sequence alignment). Parametry (gaps, matrix). Přiložení genové vs. proteinové sekvence. Repetice. Přiložení jako nástroj analýzy sekvenačních dat.Predikce genů, proteinů a jejich funkce.Design primerů. Význam primerů, základní charakteristiky, tvorba sekundárních struktur, problém chybného nasednutí (false priming), design vlastních primerů.Klonování a restrikční štěpení.Predikce vlastností proteinů. Co lze predikovat, srovnání náročnosti a spolehlivosti experimentu a výpočtu.Samostatný projekt: identifikace potenciálních genů důležitých pro virulenci v genomu neznámého organismu a určení funkce kódovaných proteinů.Praktická úloha 1. Polymerázová řetězová reakce a elektroforéza v agarosovém gelu.Praktická úloha 2. Izolace produktu PCR, štěpení restrikčními endonukleasami.
Literatura
doporučená literaturaŠMARDA, Jan , Jiří DOŠKAŘ , Roman PANTŮČEK , Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ . Metody molekulární biologie. 2. dotisk 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2010. 194 s. ISBN 978-80-210-3841-7. info
Garant
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.Mgr. Josef Houser, Ph.D.Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D.