Předmět Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C2150 - Zpracování informací a vizualizace v chemii, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
Osnova
1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak.2.Přehled programů pro vizualizaci molekul.3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání.4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server.5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD.6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD.7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace.8.Program TRITON – možnosti vizualizace.9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování.10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků.11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD.12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol.
Literatura
Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa, N.J.: Humana Press, 2008. xi, 390 p. ISBN 978-1-58829-864-5. infoHÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997. xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. infoMolecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998. x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. infohttp://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Požadavky
Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.
Garant
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
Vyučující
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.