Předmět Bioanalytika I - Biomakromolekuly (C7073)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C7073 - Bioanalytika I - Biomakromolekuly, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

hlavní cíle přednášky:uvedení do pojmu bioanalytika;na konci kurzu by studenti měli být schopni- porozumět postupům při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur (nukleové kyseliny, proteiny a jejich komplexy, lipidové struktury) se zvláštním zřetelem na využití hmotnostní spektrometrie jako všestranné analytické techniky;- osvojit si základní teoretické pozadí těchto postupů

Osnova

analytické postupy v bioanalytice – náročnost; vysokoprostupné a celostní analýzy, výsledekafinitní metody – princip, provedení, použití; afinitní elektroforéza, IMAC, MOAC, proteinové ekvalizéryimunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – přímá, nepřímá a se značením (FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA), IAC, IACE, SELDI…separace biomakromolekul – gelová elektroforéza; principy, provedení (1D, 2D; polyakrylamid, agaróza); blotování; kapalinová chromatografie; principy, provedení (1D, 2D)základy hmotnostní spektrometrie – principy; hmotnostní spektrum, základní pojmy v MS, ionizace (ESI – dekonvoluce spektra; MALDI), hmotnostní analýza (tandemová MS), detekce, vakuová technikagenomika (analýza nukleových kyselin) – základy; chemická povaha NA; funkční genomika (analytické postupy, PCR, restrikční enzymy), identifikace známé (hybridizace) a neznámé sekvence (Sangerova sekvenace, pyrosekvenace, 454, Solexa, Solid); identifikace změn v DNA (RFLP, ASO, DGGE, SSCP, CMC); epigenomika; metylace DNA a její analýza.proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy; organizace proteomu, chemická povaha proteinů, jejich separaceexpresní proteomika – metodika, identifikace proteinu (peptidové mapování, MS/MS analýza); kvantifikace (AAA, diferenční PAGE, MS – přímá a nepřímá kvantifikace, značení stabilními izotopy); celostní proteomikafunkční proteomika – metodika, metody studia proteinových interakcí (kvalitativní - Y2H; BiFC; mbSUS; SLCA; MeRA; SEAM; využití iontové mobility; kvantitativní – MS, QCAT, molární ionizační koeficient; pravděpodobnostní přístup)strukturní proteomika – metodika (zesíťování molekulárními pravítky), metody (FTICR MS)analýza post-translačních modifikací – formy PTM, MS analýza PTM – lokalizace; glykosylace, fosforylace; určení rozsahu PTMlipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy; struktura a funkce biologických membrán, chemická povaha lipidů; analytické postupy (extrakce, separace, MS), celostní lipidomika, lipidomické databázeglykomika (analýza glykanů) – základy; chemická povaha glykanů a glykoproteinů, struktura; analytické postupy (deprivatizace, separace, MS), celostní glykomika, glykomické databáze

Literatura

Foundations of Comparative Genomics. Edited by Arcady R. Mushegian. I. Title. Burlington, USA: Elsevier Academic Press, 2007. 265 s. ISBN 0120887940. infoQuantitative proteomics by mass spectrometry. Edited by Salvatore Sechi. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007. x, 218 p. ISBN 978-1-58829-571-2. infoBENFEY, Philip N. a Alex D. PROTOPAPAS. Essentials of genomics. Upper Saddle River, N.J.: Prentice-Hall, 2005. xiv, 346 p. ISBN 0-13-047018-X. infoMIKKELSEN, Susan R. a Eduardo CORTÓN. Bioanalytical chemistry. Hoboken, N.J.: John Wiley & Sons, 2004. xvii, 361. ISBN 0-471-54447-7. infoLIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics :tools for the new biology. Edited by John R. Yates. Totowa, NJ: Humana Press, 2002. ix, 198 s. ISBN 0-89603-992-7. infoPosttranslational modifications of proteins :tools for functional proteomics. Edited by Christoph Kannicht. Totowa, N.J.: Humana Press, 2002. xi, 322 s. ISBN 0-89603-678-2. info

Požadavky

předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 biochemie I,C4182 biochemie II). doporučenou přednáškou je C7895 hmotnostní spektrometrie biomolekul.

Garant

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.