Předmět Úvod do molekulární medicíny - cvičení (C7189)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C7189 - Úvod do molekulární medicíny - cvičení, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Cílem cvičení je seznámit studenty s metodickými principy molekulární medicíny se zaměřením na využití molekulárně-biologických metod v diagnostice a individualizaci léčby. Student se seznámí s danou problematikou, počínaje designem studie určené k identifikaci biomarkerů, přes jejích experimentální realizaci, statistické vyhodnocení a navržení možné implementace do klinické praxe.

Osnova

1. Seznámení se základními metodickými přístupy v molekulární medicíně, obecnými principy práce v molekulárně-biologické laboratoři, demonstrace přístrojové techniky a prohlídka laboratorních provozů využívaných v molekulárně-medicínském výzkumu.2. Úvod do principů designování studií v molekulární medicíně, ukázky modelových studií, identifikace diagnostických, prognostických a prediktivních biomarkerů, odhad velikosti souboru pacientů potřebného pro dosažení statistické významnosti (sample size estimation), volba vhodných experimentálních přístupů, dostupnost biologického materiálu, vysokokapacitní analýza = screening a několika úrovňové validace, systémy kontrol, časový plán, rozpočet. Detailní design studie na základě zadání cvičícího.3. Typy biologického materiálu, základní principy práce s biologickým materiálem v molekulární medicíně (skladování, homogenizace tkáně, separace buněk, volba optimálního postupu pro izolaci nukleových kyselin). Homogenizace, izolace nukleových kyselin (DNA, RNA), kontrola jejich čistoty (Thermo NanoDrop) a integrity (LOC technologie – Agilent Bioanalyzer, gelová elektroforéza).4. Vysokokapacitní analýzy – výhody a nevýhody jednotlivých přístupů, globální analýzy exprese kódujících genů (platforma Affymetrix) a mikroRNA (qRT-PCR arrays (TaqMan Low-Density Arrays), úvod do hodnocení experimentálních dat, identifikace potenciálních biomarkerů. Názorné ukázky a zpracování reálných experimentálních dat na základě designu studie (bod 2).5. Validace I – využití individuálních qRT-PCR assayí na rozsáhlých a nezávislých souborech pacientů v souladu s designem studie. Příklady návrhů experimentu pro Real-Time PCR, několika-úrovňové systémy kontrol. Reverzní transkripce.6. Validace II – využití individuálních qRT-PCR assayí na rozsáhlých a nezávislých souborech pacientů v souladu s designem studie. Real-Time PCR.7. Statistické vyhodnocení dat z validace. Úvod do biostatických metod (Mann-Whitney test, Wilcoxon test, multivariační analýza (Coxův regresní model), ROC analýza - senzitivita, specificita, Kaplan-Meirova analýza přežití, ...).8. Funkční validace biomarkerů. In vitro experimenty, základy práce v kultivační laboratoři, obecné principy práce a design experimentů s buněčnými modely.9. Kultivace buněk, tvorba růstových křivek a testy cytotoxicity vybraných cytostatik (IC50).10. Transfekce buněk syntetickými oligonukleotidy s cílem utlumit hladiny transkriptu vybraného genu. Ověření účinnosti transfekce (qRT-PCR, western blot).11. Vliv transfekce na viabilitu, apoptózu a buněčný cyklus (MTT test, průtoková cytometrie - Annexin V a propidium jodid)12. Celkové zhodnocení studie, výsledný protokol a doporučení pro případnou implementaci testovaného biomarkeru do klinické praxe. Udělení zápočtu.

Literatura

Laboratorní diagnostika. Edited by Tomáš Zima. 2., doplněné a přepracova. Praha: Karolinum, 2007. xxxviii, 9. ISBN 978-80-246-1423-6. info

Požadavky

C7188 Úvod do molekulární medicíny || NOW ( C7188 Úvod do molekulární medicíny )

Garant

prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.Mgr. Jaroslav JuráčekMgr. Jitka MlčochováMgr. Jiří Šána