Předmět Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií (C7250)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C7250 - Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometriepopsat instrumentaci běžně používanou v proteomiceporozumět základům interpretace MS a MS/MS datvysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrievysvětlit metody kvantifikace pomocí MSpopsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomicenavrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

1. Hmotnostní spektrometriePrincip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).3. Základní metody identifikace proteinůPeptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.4. KvantifikaceMetody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).5. Určování modifikací proteinůPřehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací.Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace.Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.7. Proteomické aplikaceHmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001. xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Požadavky

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Garant

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.RNDr. Hana Konečnáprof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D.