Předmět Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení (C7800)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C7800 - Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
Osnova
1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)4. Vypracování samostatného projektu
Literatura
Introduction to computational chemistry. Edited by Frank Jensen. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007. xx, 599 s. ISBN 0470011874. infoREMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000. 239 s. ISBN 80-88908-62-0. infoLIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info
Požadavky
NOW ( C7790 Počítač.chemie a MM I )Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.
Garant
RNDr. Petr Kulhánek, PhD.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.RNDr. Petr Kulhánek, PhD.Mgr. Jakub Štěpán