Předmět Strukturní biochemie (C9530)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu C9530 - Strukturní biochemie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
---|
Další informace
Cíl
Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy.Studenti, kteří úspěšně ukončí kurz, budou schopni aplikovat metody prohledávání databází struktur, analyzovat strukturní modely, rozhodovat, která metoda určování struktury je vhodná pro daný případ a pochopit základní principy určování struktur a analýzy výchozích dat.
Osnova
1-4. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů a nukleových kyselin, struktura sacharidů a membrán.5. Výpočetní metody, molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání.6. Příprava vzorku, sekvenace nukleových kyselin, proteinů a sacharidů.7. Optické metody charakterizace biomakromolekul: cirkulární dichroismus, infračervená spektroskopie.8-9. Rentgenová strukturní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu.10. Elektronová mikroskopie.11-12. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů.
Literatura
LESK, Arthur M. Introduction to protein architecture :the structural biology of proteins. New York: Oxford University Press, 2001. xii, 347 s. ISBN 0-19-850474-8. infoFINKELSTEIN, Alexei V. a O. B. PTITSYN. Protein physics :a course of lectures. Amsterdam: Academic Press, 2002. xix, 354 s. ISBN 0-12-256781-1. infoDAUNE, Michel. Molecular biophysics : structures in motion. Oxford: Oxford University Press, 1999. xxii, 499. ISBN 0-19-857783-4. infoMAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002. 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. infoRHODES, Gale. Crystallography made crystal clear :a guide for users of macromolecular models. 2nd ed. San Diego, Calif.: Academic Press, 2000. xix, 269 s. ISBN 0-12-587072-8. infoProtein NMR spectroscopy :principles and practice. Edited by John Cavanagh. 2nd ed. Amsterdam: Elsevier, 2007. xxv, 885 s. ISBN 978-0-12-164491-8. infoATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999. xx, 218 s. ISBN 0-582-32788-1. info
Požadavky
Kurz je určen studentům biochemie a příbuzných oborů (molekulární biologie, bifyzika) a všem zájemcům o moderní metody určování struktur biomakromolekul.
Garant
doc. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Vyučující
doc. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.