Předmět Proteomika (CG010)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu CG010 - Proteomika, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

na konci tohoto kurzu bude student schopen:porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

Jan HavlišÚvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita).Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.Jaromír MarekStrukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování strukturyJan PalečekProteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární strojeDavid PotěšilBioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexyZbyněk ZdráhalVýznam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literaturaTWYMAN, R.M. Principles of proteomics. : BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. infoProteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002. viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Požadavky

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Garant

prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.Mgr. David Potěšil, Ph.D.doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.