Předmět Základy molekulového modelování a bioinformatiky (F8380)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu F8380 - Základy molekulového modelování a bioinformatiky, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (MU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Předmět se zaměřuje na základy molekulového modelování biomolekul pomocí molekulové dynamiky (MD). Přednáška je zaměřena na popis modelového systému, silového pole, použitých fyzikálně-chemických aproximací, přípravy biomolekulárního systému a samotné simulace MD. Diskutuje rovněž analýzu výsledků získaných ze simulací a další MD metody (např. LES, TMD, NEB nebo MMPBSA/MMGBSA). Předmětem přednášky bude rovněž seznámení se současnými bioinformatickými metodami (sekvenční alignmenty, databáze, homologní modelování a predikce struktur).Po absolvování kurzu bude student schopen:- popsat a vysvětlit základní principy molekulární dynamiky (MD) a použité fyzikálně-chemické aproximace- použít metodu MD na modelování biomolekul- analyzovat a charakterizovat omezení metod MD- popsat současné bioinformatické metody
Osnova
1. Metody studia biomolekul na atomární úrovni, historie počítačových metod2. Definice silového pole a modelového systému3. Základy molekulové dynamiky (MD)4. Příprava biomolekul na simulaci MD5. Analýza výsledků MD6. Další simulační techniky7. Základy bioinformatiky
Literatura
Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, second edition, Published by Pearson Education EMA, January 2001
Garant
prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
Vyučující
Mgr. Kamila Réblová, Ph.D.Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D.