Předmět Praktický kurz bioinformatiky (KBE / BIOIN)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBE / BIOIN - Praktický kurz bioinformatiky, Přírodovědecká fakulta, Ostravská univerzita v Ostravě (OU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. Předmět studia bioinformatiky a možnosti jejího využití v biologii. Nejdůležitější typy dat pro bioinformatické analýzy: nukleotidové a proteinové sekvence, prostorové struktury proteinů. Genomové sekvenování, expressed sequence tags (ESTs).2. Hlavní zdroje sekvenčních, vyhledávání v databázích: DDBJ/EMBL/GenBank, RefSeq, databáze sekvenačních center. Integrovaný systém Entrez na National Center for Biotechnology Information (NCBI).3. Manipulace se sekvencemi: formátování, konceptuální translace, restrikční mapy, sestavování kontigů. Navrhování primerů.4. Hledání sekvenčních homologií, substituční matice, programy BLAST a PSI-BLAST.5. Mnohočetné přiřazení (multiple alignment): principy konstrukce, program CLUSTAL, pokročilejší metody (MUSCLE, PROMALS). Sekvenční profily, HMM profily, vyhledávání homologií pomocí "sequence-profile" a "profile-profile" srovnávání.6. Anotace genomových sekvencí, predikce exon-intronových struktur genů, analýza promotorových oblastí. Analýzy RNA sekvencí, predikce sekundárních struktur RNA.7. Analýza proteinových sekvencí: hledání konzervovaných motivů a domén (nástroje PFAM, SMART, PROSITE), predikce motivů pro post-translační modifikace (myristoylace, fosforylace), predikce signálních a transitních peptidů8. Fylogenetické analýzy sekvencí: substituční modely, výpočet genetických distancí, metody maximum parsimony a neighbour-joining (programový balík PHYLIP), maximum likelihood (RAxML), Bayesovské metody (MrBayes). Bootstrapové analýzy, testování alternativních topologií.9. Základy analýzy proteinových struktur, predikce sekundární struktury, modelování terciárních struktur, hledání strukturních homologií.10. Srovnávací genomika, databáze orthologů (COG/KOG atd.), KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes), fylogenetické profily, genomové stromy, fylogenomika.

Získané způsobilosti

- studenti získají představu o moderních metodách bioinformatiky a možnostech jejich využití  - osvojí si používání nejdůležitějších bioinformatických nástrojů a databází

Literatura

nullnullnullnullCBS Prediction servers- http://www.cbs.dtu.dk/services. nullnullnullTree of life- http://tolweb.org/tree/phylogeny.html. TreeBASE- http://www.treebase.org/treebase/index.html. FELSENSTEIN, J. INFERRING PHYLOGENIES. Sinauer Associates, 2004. null

Požadavky

Zápočet: alespoň 75% účast na cvičení, zvládnutí samostatného úkolu na konci kurzuZkouška: písemný test.

Garant

doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.

Vyučující

doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.