Předmět Struktura a funkce nukleových kyselin (KBE / STRNK)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBE / STRNK - Struktura a funkce nukleových kyselin, Přírodovědecká fakulta, Ostravská univerzita v Ostravě (OU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. Chemická reaktivita NK. Hydrolýza NK, redukce, oxidace, nukleofily, elektrofily, alkylační činidla. Mutageny, karcinogeny, protinádorově účinné látky. Interakce DNA s UV a ionizujícím zářením. Chemické strukturní sondy.2. Nekovalentní interakce DNA s malými molekulami. Iontové interakce, vazba do žlábku, interkalace. Bisinterkalátory, "provlékající se" (threading) interkalátory, metalointerkalátory. Přenos náboje/elektronů zprostředkovaný dvoušroubovicí DNA. Využití interkalátorů a látek vázajících se do žlábku; chemické nukleázy.3. Interakce DNA s proteiny. Principy, funkční skupiny DNA a proteinů zprostředkující vzájemné interakce. Nespecifické a sekvenčně specifické interakce. Příklady sekvenčně specifických interakcí (např. helix-otáčka-helix, zinkové domény). HMG proteiny. Mechanismus interakce restrikčních endonukleáz s DNA. Základní metody studia interakcí bílkovin s DNA; EMSA, imuno-techniky, footprinting DNA.4. Enzymy účastnící se metabolismu NK. DNázy, RNázy, polynukleotidfosforyláza. Endonukleázy rozpoznávající jednořetězcové NK, enzymy účastnící se opravných procesů. Topoizomerázy, helikázy, ligázy, polynukleotid kináza.5. Enzymy účastnící se metabolismu NK II. Restrikční endonukleázy, metyltransferázy -metylované báze, metylace DNA u prokaryot a eukaryot. Využití enzymů při studiu struktury a interakcí DNA.6. Nadšroubovicová DNA. Lk, Tw, Wr; pozitivně a negativně nadšroubovicová DNA, nadšroubovicová hustota, topoizomery.7. Otevřené lokální struktury a jejich detekce; endonukleázy selektivní pro jednořetězcovou DNA, chemické sondy, sekvenační metody, 2D elektroforéza.8. Struktura a funkce ribonukleových kyselin. Ribozomální, transferové a informační RNA. Sestřih prekurzorových RNA. Katalytické funkce RNA, samosestřih.9. Regulace genové exprese, úloha RNA; malé interferující RNA, mechanismus RNA interference, vztah k metylaci DNA. Metodické přístupy.10. Protein p53. Úloha p53 při regulaci buněčného cyklu, jeho funkce jako nádorového supresoru. Posttranslační modifikace p53. Interakce p53 s DNA, sekvenčně specifická a nespecifická vazba, rozpoznání struktury DNA, vazba selektivní pro nadšroubovicovou DNA.11. Epigenetické modifikace a epigenetická informace. Metylace DNA, mechanismus, dubletová a tripletová metylace. Metylace udržovací a de novo. Způsoby detekce metylace DNA. Modifikace histonů. Vztah mezi epigenetickými modifikacemi, strukturou chromatinu a genovou expresí.

Získané způsobilosti

?    získají hlubší vědomosti o nukleových kyselinách?   získají informace o reaktivitě nukleových kyselin s chemickými látkami a enzymy, nadšroubovicové DNA a strukturám odlišným od B-DNA?   seznámí se s mechanismem interakcí mezi nukleovými kyselinami, proteiny a dalšími látkami

Literatura

Alberts a kol. Základy buněčné biologie. Espero Publishing, Ústí n.Labem, 2001. Bates, A.D., Maxwell A. DNA Topology. Oxford University Press, 1993. Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S. L., Matsudaira, P., Baltimore, D. & Darnell, J. Molecular Cell Biology. W. H. Freeman and Company, 4. vydání, 2001. Kolektiv. Protein Reviews. Volume 2: The p53 Tumor Suppressor Pathway and Cancer, Zambetti, G.P., ed. Springer, 2005. Cooper, G. M. & Hausman, R. E. The Cell: A molecular approach. Sinauer Associates, 4. vydání, 2006. Rosypal, S. Úvod do molekulární biologie. 1-4. díl. Brno, 2006.

Požadavky

účast ve výuceúspěšné složení písemné části zkouškyúspěšné složení ústní části zkoušky

Garant

doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc.doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.