Předmět Základy molekulární systematiky (KBE / ZAMOS)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBE / ZAMOS - Základy molekulární systematiky, Přírodovědecká fakulta, Ostravská univerzita v Ostravě (OU).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Přednáška- podstata a cíle molekulární systematiky, historický přehled oboru, případové studie- genom a základní kategorie jeho oblastí důležitých pro molekulární systematiku (geny, introny, transpozívní elementy, mikrosatelity atd.)- evoluční procesy na úrovni DNA (substituce, inzerce, delece, rekombinace, duplikace genů, horizontální genový přenos) a modelování jejich dynamiky (pojem genetické distance, hlavní modely substitucí na úrovni nukleotidových a proteinových sekvencí)- realističtější evoluční modely - among-sire rate variation, covarion atd., výběr vhodných modelů (jModeltest, ProtTest)- konstrukce mnohočetných přiřazení (multiple alignments), modelování a zohledňování sekundárních struktur RNA a proteinových molekul- základní koncepty konstrukce a interpretace fylogenetických stromů- distanční metody konstrukce fylogenetických stromů (UPGMA, Neighbour-joining, Least-squares, Minimum evolution)- znakové metody - Maximum parsimony, Maximum likelihood- Bayesiánské metody- hodnocení robustnosti topologií (bootstrapová analýza, aLRT atd.), testování alternativních hypotéz (SH test, AU test)- analýza data z environmentálního sekvenování a metagenomiky- molekulární vymezení druhů, ITS oblast a koncept CBCs, barkoding- hlavní koncepty populační genetiky, koalescenční teorie, fylogeografieCvičení- izolace genomové DNA z různého biologického materiálu- spektrofotometrické měření koncentrace DNA- polymerázová řetězová reakce (amplifikace typických fylogenetických markerů jako 18S rDNA, ITS oblast, rbcL atd.)- elektroforéza a purifikace PCR produktů- klonování PCR produktů do plasmidových vektorů- analýza výsledků sekvenování Sangerovým čtením, sestavování a editace kontigů (program Sequencher)- prohledávání databází sekvencí a sestavování setů homologických sekvencí pro účely fylogenetických analýz (BLAST)- konstrukce a editace alignmentů (programy Clustal X, Bioedit, GeneDoc)- fylogenetické analýzy - neigbour joining (Phylip, BioNJ), maximum likelihood (PhyML, RAxML), Bayesianské analýzy (MrBayes, PhyloBayes)- testování alternativních topologií (CONSEL)- analýza data z environmentálního sekvenování a metagenomiky (Mothur, EPA)- vizualizace fylogenetických stromů (TreeView, iTOL)- rozbor a diskuse reálných případových studií z recentní literatury
Požadavky
Výstupní požadavky: absolvování praktických cvičení a vypracování protokolu s výsledky a jejich diskusí, písemná zkouška.
Garant
doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.
Vyučující
doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D.RNDr. Karel Janko, Ph.D.doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.Mgr. Ivona Horkádoc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D.RNDr. Karel Janko, Ph.D.