Předmět Molekulární modelování a simulace (KCH / MMS)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KCH / MMS - Molekulární modelování a simulace, Fakulta přírodovědně-humanitní a pedagogická, Technická univerzita v Liberci (TUL).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Předmět "Molekulární modelování a simulace" seznamuje posluchače se základy modelování molekul (okrajově i jiných systémů mnoha částic) metodami klasické mechaniky od konstrukce silového pole po metody molekulární dynamiky a Monte Carlo. Důraz je kladen na metodiku počítačového experimentu (pseudoexperimentu). Nedílnou součástí je práce na projektu, tj. simulace jednoduchého systému. K dispozici jsou česky psaná skripta i demonstrační software.Témata:1. Statistická termodynamika: soubory, pravděpodobnosti stavů2. Modely: mřížkové a spojité, popis tekutin, biomolekul3. Molekulární dynamika: integrace pohybových rovnic (Verlet, Gear)4. MD: izotermický a izobarický soubor5. MD: tuhé molekuly, molekuly s pevnými vazbami (SHAKE)6. Monte Carlo: MC integrace, Markovovy řetězce, Metropolisovo vzorkování7. Náhodná čísla: algoritmy, spojitá a diskrétní rozložení8. MC: tuhé molekuly, MC v jiných souborech, neboltzmannovské vzorkování9. Počítačový experiment: volba metody a podmínek, start simulace10. Periodické okrajové podmínky, dlouhodosahové síly11. Měření, statistická analýza časových řad a odhad chyb12. Entropické veličiny (termodynamická integrace, Widom)13. MD: kinetické veličiny, rovnovážné a nerovnovážné metody14. Práce na projektu (MC či MD simulace jednoduchého systému)
Získané způsobilosti
Simulovat chování jednoduchého molekulárního systému.
Literatura
https://nanoed.tul.cz/M. P. Allen; D. J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. Clarendon Press, Oxford, 2002. D. Frenkel; B. Smit. Understanding Molecular Simulation. Academic Press, 2002. Nezbeda I Kolafa J Kotrla M. Úvod do počítačových simulací metody Monte Carlo a molekulární dynamiky. Nakladatelství Karolinum, Univerzita Karlova v Praze., 2003.
Požadavky
Zápočet je udělen za zvládnutí jednoduché MC/MD simulace v libovolném programovacím jazyce.Zkouška je ústní.
Garant
prof. RNDr. Jiří Kolafa, CSc.RNDr. Michael Rouha, Ph.D.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Kolafa, CSc.RNDr. Michael Rouha, Ph.D.