Předmět PVK - IT v biologických vědách II (KBI / K306)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBI / K306 - PVK - IT v biologických vědách II, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem (UJEP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Celý kurz je tvořen pracovními semináři v počtu 12 hodin. Kurz bude blokově rozdělen na 3 části, tj. 3 dny v semestru 1x po 4 hodinách.V průběhu první části budou vymezeny požadavky pro úspěšné zakončení kurzu. Tato část bude zaměřena na postupy zpracování experimentálních dat pomocí programů jako je například SigmaPlot nebo GraphPad Prism. Práce s těmito programy bude demonstrována na konkrétních příkladech z různých oblastí biologie a biologických hraničních věd. Druhá část bude věnována základním pojmům z oblasti bioinformatiky a popisu a významu biologických databází jako jsou SWISS-PROT, EMBL, ENTREZ, BLAST, Expasy apod. V třetí části se budeme soustředit na problematiku studia biomolekul s pomocí programů pro jejich vizualizaci. Zaměříme se také na význam internetových databázových systémů pro studium metabolických cest včetně potřebného programového vybavení. S využitím vhodných programů budeme demonstrovat význam molekulární biologie při studiu fylogenetických vztahů mezi organismy a význam počítačového modelování v biologii. Kontrola studia bude probíhat formou splněných seminárních prací. Příklady zadání:- analyzujte data získaná z měření enzymové reakce a určete Km a Vmax s využitím lineární a nelineární regrese.- v internetové databázi najděte molekulu Cytochromu c a na základě 3-D obrazu popište její strukturu a funkční význam pro dýchání.- proveďte analýzu N proteinu proteinového komplexu fotosystému I u vybraných druhů vyšších rostlin a srovnejte jejich sekvenční podobnostPodmínkou pro úspěšné zakončení kurzu bude odevzdání řešení všech seminárních prací na CD/DVD médiu a úspěšné zvládnutí závěrečného testu.
Literatura
Voet D., Voet J. Biochemistry. 3rd Edition. John Wiley&Sons, Ind. 2005. Bergeron B. Bioinformatics Computing. Pearson Education, Inc. 2003. Zvára K. Biostatistika. Karolinum. 2003. Vodrážka Z. Biochemie, Academia, Praha. 1992. Vodrážka Z., Rauch P., Káš J. Enzymologie. VŠCHT Praha. 1998. Flegr J. Evoluční biologie. Academia Praha, 2005. http://knihovna.vslib.cz/download/R00063-%20Bioinformatika.dochttp://bio.img.cas.cz/VSCHT4-2001/http://biology.ujep.czWhitford D. Proteins: Structure and Function. John Wiley & Sons, Ind. 2005. Rosypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie I.-III. Academia, Praha. 2000.
Požadavky
splnění všech požadovaných úloh dle zadání60% úspěšnost v závěrečném testu
Garant
Mgr. Marcel Štofik, Ph.D.
Vyučující
Mgr. Marcel Štofik, Ph.D.