Předmět Úvod do genomiky a proteomiky (KBI / N019)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBI / N019 - Úvod do genomiky a proteomiky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem (UJEP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. Holistická biologie: genom, genomika, transkriptom, transcriptomika, proteom, proteomika, bioinformatika. Úkoly genomiky a proteomiky, Vymezení ve vztahu k dalším -omikám, důležité aplikace. Náhled do historie a současný stav poznání.2. Přehled molekulárně biologických pojmů. Genová exprese DNA- ? RNA ? proteiny, mechanismy replikace prokaryot versus eukaryot, transkripce ? mechanismus, transkripční faktory, typy RNA, posttranskripcni upravy, transkripce prokayot versus eukaryot, translace ? mechanismus, komponenty, rychlost a energetika překladu, translace u prokaryot versus eukaryot, posttranslační modifikace proteinů.3. Regulace genové exprese ? interakce DNA-protein, protein-protein, regulace u prokaryot versus eukaryot na úrovni iniciace transkripce a translace.4. Protein-nekodující elementy. Regulační RNA - antisense, buněčná imunita (siRNA a CRISPR RNA), RNA s enzymatickou funkcí5. Genové inženýrství ? izolace DNA, RNA, proteinů; Restrikční enzymy; Elektroforéza, Analýza DNA, RNA, protein ? techniky, PCR, RT-PCR, hybridizace, microarrays, klonování6. Genom ? historie sekvenování, anotace; Human Genome Project, metody, komparativní genomika; Transkriptom ? arraye, příklady; Proteom ? metody ? 2D elektroforéza, identifikace proteinů; Bioinformatika a databáze (NCBI, BLAST, srovnávání sekvencí, modelování 2D struktur RNA); Programy na analýzu sekvencí (DNAman, CloneManager apod.)7. Bakteriální a eukaryotní genetika, klinické aspekty8. Změna genetické informace ? rekombinace, mutace, transponovatelné elementy9. Genetická onemocnění a jejich diagnostika, chromosomální anomálie, klonování genů způsobujících onemocnění10. Separační a detekční techniky proteomiky, experimentální přístupy, separace v gelu, vizualizace a analýza, další separační techniky, čipy v proteomice11. Hmotnostní spektrometrie ? principy, ionizační metody, analyzátory a hmotnostní spektrometry. Analýza MS dat, bioinformatické přístupy, analýzy posttranslačních modifikací, Strategie měření dynamiky; Komparativní proteomika12. Transkriptomika, proteomika a buněčná fyziologie. Odpověď na stresové podmínky. Expresní analýzy patogenních a průmyslově využívaných organismů.13. Evoluční genetika a proteomika. Komplexita a regulace, vznik nových genů. Horizontální transfer. Diverzita proteomů.

Literatura

Rosypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie I.-III. Academia, Praha. 2000. Bruce A. a kol. Základy buněčné biologie - Úvod do molekulární biologie buňky. Espero Publishing, Ústí nad Labem. 2001. Ann Batiza. Bioinformatics, genomics, and proteomics: getting the big picture. 2006. Metin Akay. Genomics and proteomics engineering in medicine and biology, IEEE. 2007. BURTON E. TROPP, DAVID FREIFELDER. MOLECULAR BIOLOGY: GENES TO PROTEINS. 2008.

Požadavky

Zkouška ústní

Vyučující

RNDr. Jan Bobek, Ph.D.