Předmět Stanovení a popis molekulových struktur (NBCM036)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu NBCM036 - Stanovení a popis molekulových struktur, Matematicko-fyzikální fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Proč studovat struktury molekul. Jak popisovat geometrie molekul. Základní pravidla stereochemie, jejich důsledky pro molekulové geometrie. 2. Vztahy struktura - funkce v biologii a chemii. Formální popis třírozměrných (3D) objektů. 3. Stereochemie stavebních kamenů biomolekul, aminokyselin a nukleotidů. 4. Strukturní motivy sekundární struktury proteinů, motivy terciarní struktury, klasifikace proteinových foldů. 5. Strukturní bioinformatika, vztah mezi aminokyselinovou sekvenci a strukturou proteinu. Metody porovnávání sekvencí a struktur. 6. Navrh léčiv založený na znalosti 3D struktur cílových proteinů. 7. Struktura nukleových kyselin. I. Helikální konformace. 8. Struktura nukleových kyselin. II. 3D struktury molekul RNA a DNA. 9. Základy krystalografie, nejdůležitější metody stanovení 3-D struktur molekul. I. Experimentální uspořádání, růst krystalu, řešení struktur. 10. Základy krystalografie. II. Symetrie, rafinace. Strukturní genomika. 11. Porovnání krystalografie s ostatními experimentálními metodami jako elektronová mikroskopie, nukleární magnetická resonance a další spektrální metody. 12. Kritické hodnocení počítačových simulací kvantovou chemií i metodami empirického potenciálu (Monte Carlo, Molekulární dynamika) pro studium 3-D struktur. 13. Strukturní database: hledání a porovnávání struktur molekul. Úvod do použití tří nejdůležitějších databasí: CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASE (CSD) pro struktury organických molekul, PROTEIN DATA BANK (PDB) jako primární archiv experimentálních struktur biomolekul a NUCLEIC ACID DATABASE (NDB) pro krystalové struktury obsahující nukleové kyseliny. 14. Database v internetovém světě: Jak nalézat spojení, která dávají věcem význam.
Literatura
C Brandén; J. Tooze: Introduction to Protein Structure. Second Edition, Garland Publishing, New York (1998). S. Neidle, editor: Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure. Oxford University Press, Oxford, (1999). D. Voet, J.G. Voet: Biochemistry. John Wiley & Sons, New York (1997). H. Lodish et al.: Molecular Cell Biology. Scientific American Books, New York (1999). J.P. Glusker; M. Lewis; M. Rossi: Crystal Structure Analysis for Chemists and Biologists. VCH, New York (1994).
Garant
doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc.