Předmět Počítačové modelování biomolekul (NBCM316)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu NBCM316 - Počítačové modelování biomolekul, Matematicko-fyzikální fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Seznámit studenty se základy počítačového modelování biomolekul tak, aby byli schopni provádět samostatně molekulárně-dynamické simulace velkých molekulárních systémů (viz. anotace a sylabus). Metody pro racionální návrh struktury léků prostřednictvím počítačového modelování: vyhledávání biomolekul ve strukturních databázích, sekvenční a strukturní alignment; homologní modelování 3D struktur proteinů; docking - hledání energeticky výhodných způsobů navázání malé molekuly (ligandu) do vazebného místa makromolekuly (receptoru); in silico optimalizace inhibitoru; molekulárně-dynamické simulace; parametrizace silových polí pro molekulárně dynamické simulace biomolekul prostřednictvím kvantově-mechanických výpočtů; procvičení práce s řadou softwarových balíků.
Sylabus
OSNOVA:01) Strukturní databáze: proteiny (PDB), nukleové kyseliny (NDB), sekvenční alignment (Blast)02) Vizualizace biomolekul: VMD / Chimera / ICM Molsoft03) Homologní modelování: Modeller04) Docking: AutoDock05) In silico optimalizace inhibitoru: AutoGrow06) Molekulární dynamika: AMBER / CHARMM / GROMACS / NAMD / Desmond / ACEMD / Yasara07) Molekulární dynamika: nukleové kyseliny, proteiny, membrány, membránové proteiny 08) Molekulární dynamika: analýza trajektorií - ptraj, Curves+09) Molekulární dynamika: výpočet volné energie (ABF, alchymistické výpočty, MM-PBSA atd.)10) Ab initio výpočty: Gaussian11) Ab initio výpočty: GaussView / Chemcraft / Molden12) Ab initio výpočty: parametrizace silových polí pro molekulárně-dynamické výpočtyhttp://www.pdb.org/pdb/home/home.do - http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ - http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/, http://www.molsoft.com/ - http://salilab.org/modeller/ - http://autodock.scripps.edu/ - http://autogrow.ucsd.edu/ - http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ - http://ambermd.org/ - http://www.gromacs.org/ - http://www.acellera.com/products/acemd/ - http://www.yasara.org/ - http://gbio-pbil.ibcp.fr/Curves_plus/Curves+.html - http://www.gaussian.com/ - http://www.gaussian.com/g_prod/gv5.htm - http://www.chemcraftprog.com/ http://www.cmbi.ru.nl/molden/ - http://metavo.metacentrum.cz/
Garant
RNDr. Ivan Barvík, Ph.D.