Předmět Metody proteinové krystalografie (NFPL028)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu NFPL028 - Metody proteinové krystalografie, Matematicko-fyzikální fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Principy měření proteinových struktur - difrakční experiment. 2. Metody krystalizace biologických makromolekul, kryokrystalografie. Přehled krystalizačních technik vhodných pro biologické makromolekuly. 3. Difraktometry a zpracování měřených dat.Proteinový difraktometr, zdroje záření, různá uspořádání difrakčního experimentu. Stanovení strukturních parametrů, symetrie, výpočet strukturních faktorů, etc. 4. Řešení fázového problému strukturní analýzy. Metody molekulárního nahrazení. Experimentální fázování (metody anomálního rozptylu a isomorfního nahrazení). 5. Stavění modelu do map elektronové hustoty, hydratace, lokalizace ligandů. 6. Metody rafinace strukturních parametrů (parametrizace, typy omezujících podmínek, příklady). Způsoby upřesnění, přesnost a spolehlivost strukturního modelu. Omezující podmínky pro zpřesňování struktury. Důvody a limity využití molekulárního modelování. 8. Metody popisu a zobrazování makromolekulárních soustav. 9. Databáze organických a organometalických struktur, databáze biologických makromolekul (PDB a NDB),softwarové vybavení. Strukturní databáze a příklady jejich použití pro objasnění vztahu mezi molekulární strukturou a funkcí. 10. Využití výsledků rentgenové strukturní analýzy (parametrizace proteinu, parametrizace ligandů, solvatační obálka, strukturní databáze, hodnocení chyb, statistické zpracování).Příklady ukazující vztah struktury a funkce makromolekulárních soustav. Rtg difrakce pri návrhu léčiv inhibujících mutantní HIV proteázu, experimentální a teoretické studium mezimolekulárních interakcí, solvatace makromolekul, studium rychlých biochemických reakcí. 11. Praktická cvičení.
Garant
RNDr. Jindřich Hašek, DrSc.prof. RNDr. Radomír Kužel, CSc.