Předmět Bioinformatické algoritmy (NTIN084)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu NTIN084 - Bioinformatické algoritmy, Matematicko-fyzikální fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Naučit základy bioinformatiky a v ní používaných algoritmů.

Sylabus

Úvod do bioinformatiky Bioinformatika - vymezení problematiky, historie a základní úlohy Úvod do molekulární biologie - struktura DNA a její analýza, geny, proteinyZákladní bioinformatické algoritmy: Úplné prohledávání - mapování restrikcí, vyhledávání motivů Hladové algoritmy - přeuspořádání genomu, vyhledávání motivů Dynamické programování - podobnost DNA sekvencí, alignment sekvencí, alignment s penalizací děr, predikce genů Algoritmy typu rozděl a panuj - prostorově a časově efektivní alignment sekvencí Grafové algoritmy - DNA sekvencování, sekvencování proteinů a jejich identifikace, sekvencování peptidů Kombinatorické algoritmy pro vyhledávání vzorů - exaktní vyhledávání vzorů, klíčové stromy, sufixové stromy, heuristické vyhledávání podobnosti, aproximativní vyhledávání vzorů, BLAST a FASTA Pokročilé bioinformatické algoritmy: Skryté Markovovy modely - dekódovací algoritmus, odhad parametrů HMM Randomizované algoritmy a vyhledávání motivů - Gibbsovo vzorkování, náhodné projekce Zjišťování podobnosti pomocí komprese

Literatura

Jones N. C., Pevzner P. A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004Pevzner P. A.: Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000Zvelebil M., Jeremy Baum J. A.: Understanding Bioinformatics, Garland Science, 2007

Garant

RNDr. František Mráz, CSc.