Předmět Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin (MB120C44)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB120C44 - Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

1. den úvod do problematiky, metody studia DNA, rozdíly mezi jednotlivými typy markerů extrakce DNA z rostlinného materiálu (CTAB metoda) - čerstvý i vysušený materiál elektroforéza, příprava agarosových minigelů, použití DNA markerů (žebříčků) práce s dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100 stanovení koncentrace extrahované DNA pomocí UV fotometru, ředění DNA 2. den PCR amplifikace, příprava směsi pro reakci, metody optimalizace reakčních podmínek zacházením s termocyclerem Techne Touchgene a Mastercycler ep gradient S vytváření nových programů, využití gradientového bloku pro optimalizaci PCR reakce metoda RAPD elektroforéza získaných PCR produktů a jejich visualizace práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - porovnání RAPD pattern, stanovení přibližné délky získaných PCR produktů 3. den (PCR-RFLP) amplifikace konkrétních úseků cpDNA pomocí universálních primerových párů optimalizace PCR amplifikace pomocí gradientového bloku elektroforéza - test úspěšné PCR PCR amplifikace s použitím optimální teploty annealingu štěpení získaných PCR produktů několika restrikčními enzymy 4. den příprava vertikálního polyakrylamidového gelu rozdělení restrikčních fragmentů podle délky na vertikálním polyakrylamidovém gelu gel staining - ethidiumbromidu nebo SYBR Green I visualizace restrikčních fragmentů dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100 práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - porovnávání restrikčních pattern, stanovení přibližné délky restrikčních fragmentů 5. den analýza dat z RAPD a PCR-RFLP, čtení gelů příprava dat pro další biosystematické a populačně-genetické analýzy fylogenetické analýzy a populačně-genetické analýzy použitím specializovaného software (TreeCon, SYNTAX, PopGen, Arlequin)

Literatura

Weising K. et al. (2005): DNA fingerprinting in plants. Principles, methods, and applications. 2nd edition.Caetano-Anollés G. & Gresshoff P.M. (1998): DNA markers. Protocols, applications, and overviews.Hall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.

Požadavky

Vypracované protokoly k řešeným úkolům podle pokynů přednášejícího.

Garant

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.