Předmět Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin II (MB120C45)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB120C45 - Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin II, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

Praktické cvičení zahrnuje přípravu projektu (část A), práci v laboratoři (část B), interpretaci dat ze sekvenátoru a příprava datových matic (část C), vyhodnocování dat (část D) a celkové vyhodnocení a prezentaci projektu (část E). Jednotlivé části na sebe nutně nemusí časově navazovat, předpokládá se i samostatná domácí práce studentů.A: přípravná fáze (samostatná práce studentů ve skupinách) - 2 dny seznámení studentů s projektem vyhledávání dosavadních informací o studované skupině (Web of Science, on-line zdroje PřF UK, knihovna Katedry botaniky…) formulace otázek, které bude možné řešit pomocí molekulárních metod; zjistit, které molekulární metody bude vhodné použít zjištění informací o metodice odběru vzorků z živého materiálu a možnostech extrakce DNA (s důrazem na studovanou skupinu) seznámení se studovanou skupinou (sbírka Botanické zahrady UK) zhotovení seznamu objektů, které budou molekulárně studovány prezentace jednotlivých pracovních skupin o zjištěných informacích sestavení cílů projektu a metodikyB: laboratorní práce - 4 dnyB1. sekvenování DNA příprava a odladění PCR amplifikace požadovaného úseku DNA (nekódující úseky cpDNA, ITS…) otestování úspěšnosti amplifikace elektroforézou na agarosovém gelu přečištění PCR fragmentu pomocí kitu kvantifikace PCR produktu (změření koncentrace na fotometru) vlastní sekvenační reakce (cycle sequencing) pomocí kitu ABI PRISM BigDye Terminator v3.1 přečištění produktu, příprava pro analýzu na sekvenátoru použití sekvenátoru ABI 3130 Avant na biologické sekci PřF UK B2. AFLP restrikce celkové DNA pomocí kitu AFLP Core Reagent Kit (Invitrogen) ligace adaptorů k restrikčním fragmentům pomocí téhož kitu preamplifikace pomocí kitu AFLP Pre-Amp Primer Mix I (Invitrogen) selektivní amplifikace s fluorescenčně značeným primerem precipitace PCR produktů, příprava pro analýzu na sekvenátoru fragmentační analýza na sekvenátoru ABI 3100 Avant na biologické sekci PřF UK B3. mikrosatelity použití specifických primerů pro jaderné mikrosatelity (PCR reakce) použití univerzálních pro chloroplastové mikrosatelity (PCR reakce) otestování úspěšnosti amplifikace elektroforézou na agarosovém gelu precipitace PCR produktů, příprava pro analýzu na sekvenátoru fragmentační analýza na sekvenátoru ABI 3100 Avant na biologické sekci PřF UK C: interpretace dat ze sekvenátoru - 0,5 dneC1. sekvenování editace sekvenčních dat (FinchTV aj.) ze sekvenátoru, příprava pro alignment automatický alignment v programu ClustalX úprava alignmentu v programu BioEdit příprava datové matice pro další analýzy (NEXUS formát ad.)C2. AFLP analýza získaných dat v programu GeneScan vyhodnocování AFLP dat v programu Genographer, příprava datové matice pro další analýzy C3. mikrosatelity jednoduchá analýza získaných dat v programu GeneMarker vysvětlení problému se stutter bands, -A addition ad., příprava datové matice pro další analýzy D: analýza datových matic - 1,5 dneC1. sekvenování vyhledávání podobných sekvencí v GenBank (BLAST) distanční metody (TreeCon, PAUP) maximální parsimonie, maximum likelihood (PAUP, Modeltest) Bayesovská analýza (MrBayes) D2. AFLP tvorba stromů (TreeCon) mnohorozměrné analýzy (FAMD) AMOVA (Arlequin, FAMD) zacházení s chybějícími daty (FAMD)... D3. mikrosatelity základní analýza dat (MicroSatelliteAnalyser) AMOVA (Arlequin)...E: celkové vyhodnocení a prezentace projektu - 2 dny diskuse nad výsledky v souvislosti se znalostmi rozšíření, biologie a ekologie jednotlivých zkoumaných druhů srovnání výsledků s použitím různých metod, interpretace srovnání molekulárně-fylogenetických výsledků s morfologií jednotlivých taxonů příprava prezentace výsledků projektu (tabulky, fylogenetické stromy, mapy rozšíření…) příprava plakátového sdělení (posteru) o výsledcích projektu - základní pravidla pro tvorbu posterů, jak zaujmout a jasně prezentovat důležité výsledky prezentace výsledků formou přednášek jednotlivých studentů (minikonference)

Literatura

Weising K. et al. (2005): DNA fingerprinting in plants. Principles, methods, and applications. 2nd edition.Caetano-Anollés G. & Gresshoff P.M. (1998): DNA markers. Protocols, applications, and overviews.Hall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.

Požadavky

Vypracované protokoly k řešeným úkolům podle pokynů přednášejícího.

Garant

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.