Předmět Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat (MB120P143)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB120P143 - Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

Kurz je rozdělen do sedmi čtyř-hodinových bloků; po krátkém teoretickém úvodu vždy následuje praktická analýza vzorových dat, poslední blok je věnován prezentacím a diskuzi. Lekce 1 - Sekvence DNA: úprava alignmentu, detekce rekombinantů, testování fylogenetického signálu v datech a saturace sekvencí, testování vhodných modelů evoluce sekvencí [BioEdit, G-blocks, HyPhy, RDP3, PAUP, SiteStripper, SOAP, SplitsTree, Tree-Puzzle, Modeltest]Lekce 2 - Sekvence DNA: základy konstrukce a testování fylogenetického stromu (MrBayes, maximum likelihood, maximum parsimony) vč. složitějšch datasetů obsahujících více partitions, testy s pomocí constraints a testy inkongruence, vizualizace stromů [Partition Finder, MrBayes, PAUP (ILD test), MEGA, Garli, RAxML, Phyml, FigTree]Lekce 3 - Sekvence DNA: problematika fylogeneze na "mělké" taxonomické úrovni - detekce ancestrálního polymorfismu a incomplete lineage sorting, vliv hybridizace [BEAST, *BEAST, BEST, BUCKy]Lekce 4 - Multilokusová data: základy práce s maticemi (ko)dominantních dat, detekce struktury v datech - klastovací a mnohorozměrné analýzy, distanční sítě [FAMD, AFLPDat, BAPS, Geneland, SplitsTree, R-package ade4]Lekce 5 - Multilokusová data: testování hypotéz o struktuře v datech, diverzitě a vztazích mezi detekovanými skupinami - indexy diverzity a vzácnosti, hierarchická struktura v datech (AMOVA, Fst), isolation-by-distance, genový tok a isolation-migration modely, struktura hybridních populací, specifika dat polyploidních rostlin [AFLPDat, Arlequin, IMa, NewHybrids, ...]Lekce 6 - Integrace výsledků: možnosti a úskalí kombinace více standardních molekulárních markerů vč. případových studií, interpretace inkongruentních výsledků (plastidová DNA+ITS, plastidová DNA+AFLP/mikrosatelity); možnosti analýzy významných vlastností (např. velikost genomu, morfologie) ve fylogenetickém kontextu [R-package ape, BayesTraits]Lekce 7 - Prezentace a diskuze vlastních výsledků ("projektu"): zdůvodnění výběru použitých analýz, prezentace výsledků a jejich interpretace v biologickém kontextu, stručné představení dalších obdobně řešených případových studií ("jaká je biologická otázka za mými daty, proč jsem zvolil zrovna tyto metody, jak mi to vyšlo a jak to interpretuji, podobný problém řešili např. i v těchto pracích ...")

Literatura

Hall BG (2011) Phylogenetic trees made easy. 4th edition. SinauerHartl DL & Clark AG (2007): Principles of Population Genetics. 4th edition. Sinauer

Požadavky

Zápočet se uděluje za vhodně zpracovaný a prezentovaný "projekt".

Garant

RNDr. Filip Kolář, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.RNDr. Filip Kolář, Ph.D.doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.