Předmět Use of molecular markers in plant systematics and population biology (MB120P44)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB120P44 - Use of molecular markers in plant systematics and population biology, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

1. molekulární markery - charakteristika dat získaných molekulárními technikami, přehled technik a aplikací, rozdíly mezi markery z různých hledisek a jejich využitelnost pro různé aplikace a otázky 2. isozymy - elektroforéza, typy enzymů, způsoby hodnocení isozymových gelů, kodominantní data a jejich vyhodnocování, základy populační genetiky a využití kodominantních molekulárních dat ke zjištění míry diverzity, populační variabilita, populační struktura, F statistika, použití isozymů v systematice, vztah mezi vlastnostmi rostlin a isozymovou diverzitou 3. DNA - genetická informace, struktura genomu, přístupy ke studiu DNA, princip PCR technik, RAPD - výhody a omezení metody, způsob vyhodnocování dominantních dat, použitelnost metody pro zjišťování klonální struktury, distribuce genetické variability nebo pro zjištění fylogenetických vztahů 4. AFLP - princip a povaha techniky, výhody a nevýhody metody, využití v systematice blízce příbuzných rodů (výhody vs. omezení), použití v různých populačně-biologických studiích, statistické techniky a přehled software pro hodnocení variability a zjišťování struktury v datech 5. restrikční techniky (RFLP, PCR-RFLP) - princip a využití restrikčních endonukleáz, klasická RFLP (Southern blotting), PCR-RFLP (využití univerzálních primerů pro studium variabilních oblastí genomu), specifika cpDNA (nerekombinace, haploidie, uniparentální přenos, konzervativnost) a její využití pro studium hybridizace, šíření semen, podíl přenosu pylu a semen na celkovém genovém toku, fylogeografie - studium postglaciální migrace 6. mikrosatelity - typy a variabilita tandemových repetitivních sekvencí, jaderné a chloroplastové mikrosatelity, izolace mikrosatelitových oblastí a design primerů, vyhodnocování dat (kodominance, vysoká variabilita), mutační modely mikrosatelitů, specifická statistika a software, analýza rodičovství (parentage analysis), populačně genetické studie, využití mikrosatelitů v systematických studiích 7. sekvenování - princip dideoxy sekvenování, využití automatického sekvenátoru, sekvenování chloroplastového (rbcL, rbcL, trnL-F, non-coding regions) a jaderného (ITS, geny pro rDNA, low-copy genes) genomu, výhody a použití sekvenování různých genů a intergenických oblastí, přehled metod analýzy sekvenčních dat, modely evoluce sekvencí DNA, software pro analýzu, genové banky 8. shrnutí technik molekulárních markerů (technické detaily, výhody a omezení jednotlivých metod), shrnutí typů otázek řešitelných pomocí molekulárních dat (na co všechno je možné dát odpověď a pomocí jaké metody), další příklady využití molekulárních markerůKaždá přednáška je složena ze dvou částí: 1. prezentace a diskuze dvou článků vztahujících se k problematice z minulé přednášky (vždy je jeden populačně-biologický a druhý (bio)systematický) 2. vysvětlení principu molekulární techniky, ukázky dat produkovaných konkrétní molekulární technikou a způsoby jejich vyhodnocování, příklady použití techniky na řešení různých problémů (jak systematika, tak populační biologie rostlin)Další informace: http://botany.natur.cuni.cz/fer/markers

Literatura

Základní literatura:Weising K. et al. (2005): DNA fingerprinting in plants. Principles, methods, and applications. 2nd edition.Avise J.C. (2004): Molecular markers, natural history and evolution. 2nd ed.Beebee T. & Rowe G. (2008): An introduction to molecular ecology.Lowe A. et al. (2004): Ecological Genetics: Design, Analysis, and Application.Doporučená literatura:Baker A.J. (2000): Molecular methods in ecology. Karp A. et al. (1998): Molecular tools for screening biodiversity.Ouborg N.J. et al. (1999): Population genetics, molecular markers and the study of dispersal in plants. J. Ecol. 87:551-568.Hartl & Clark (2006): Principles of Population Genetics.Soltis D.E. & al. [eds.] (1998): Molecular systematics of plants.II. DNA sequencing.Hollingsworth & al. [eds.] (1999): Molecular systematics and plant evolution.

Požadavky

Prezentace vybraného nebo přiděleného článku z odborného časopisu, přečtení a porozumění dalších dvou. Schopnost diskutovat o dané problematice s přednášejícím a dalšími studenty.

Garant

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.