Předmět Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce (MB120P83)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB120P83 - Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

Kladistika (parsimonická analýza):Monofyletické, parafyletické a polyfyletické skupiny; sesterské skupiny a mimoskupinové porovnanie; polarizácia znakov; optimalizácia znakov; pravidlá kladistiky; kódovanie znakov. Typy parsimónie; Hennigova metóda; Wagnerov algoritmus. Porovnanie stromov; konsistenčný a retenčný index; dĺžka stromu. Metódy tvorby stromov; vyčerpávajúce hľadanie, heuristická analýza a ďalšie metódy; konsenzuálne stromy; bootstrap; konvencie. Techniky parsimonickej analýzy pre veľké dátové súbory.Alternatívne metódy rekonštrukcie evolučných stromov:Metódy založené na vzdialenostiach, metóda spájania susedných objektov (neighbor-joining method).Metóda najväčšej vieryhodnosti (maximum likelihood method), modely zmeny (evolúcie) sekvencií DNA, substitučné modely. Bayesova analýza.

Literatura

Wiley, E.O., Siegel-Causey, D., Brooks, D.R. & Funk, V.A., 1991: The compleat cladist. A primer of phylogenetic procedures. The University of Kansas Museum of Natural History. Special Publication no. 19. http://www.amnh.org/learn/pd/fish_2/pdf/compleat_cladist.pdfForey, P.L., Humphries, C.J., Kitching, I.J., Scotland, R.W., Siebert, D.J. & Williams, D., 1992: Cladistics. A practical course in systematics. Clarendon Press, Oxford. Kitching, I.J., Forey, P.L., Humphries, C.J. & Williams, D.M., 1998: Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. Ed. 2. Oxford University Press, OxfordHall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.Felsenstein J. (2004): Inferring phylogenies.Mount D.W. (2004): Bioinformatics. Sequence and genome analysis.Salemi M. & Vandamme A.-M. (2003): The phylogenetic handbook. A practical approach to DNA and protein phylogeny.

Požadavky

písemný test a ústní zkouška

Garant

prof. RNDr. Karol Marhold, CSc.