Předmět Vybrané kapitoly z vývojové genetiky rostlin (MB130P55)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB130P55 - Vybrané kapitoly z vývojové genetiky rostlin, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

A. Současné přístupy a metody experimentální rostlinné genetiky1. Historický vývoj experimentálních přístupůModelový organismus Arabidopsis thaliana - výhody a nevýhody.2. Výběr oblíbeného genua. "Monte Carlo" přístupy výběru genub. Od proteinu zpět ke genuc. Funkční komplementaced. Výběr na základě expresse Enhancer a Gene trap Rozdíly v expresi (substraktivní hybridizace, microarray)e. Forward genetika Mutageneza (EMS, T-DNA, transposon, aktivační tagging)Střídavé štěstí genetického screeninguIdentifikace a ověření genuSupressor screenf. QTL3. Funkce genua. Reverzní genetika (knihovny mutantů, TILLING)b. Ektopická expresec. Chiméry a mozaikyd. Site directed mutageneza, výměny doméne. Analýza fenotypuf. Biochemické přístupy, heterologní systémy4. Exprese a lokalizacea. Northern a Western bloty, RT-PCRb. Reportérové geny (transkripční a translační fůze, použití)c. mRNA in situ hybridizaced. Lokalizace proteinů in situ5. Přátelé a sousedia. Yeast-two-hybridb. Split ubiquitinc. Genetické interakced. Upstream and downstream6. Jiné metody a přístupya. DR5 auxin response reporterb. Transient transfectionc. Heterologní systémyd. Laserové ablace and laser captureB. Od signálu ke genu1. Etylén - Učebnicový úspěch genetikyGenetická analýza etylénové signální dráhy, posloupnost a funkce molekulárních členů, dvoukomponentový systém histidin kinázy2. Cytokinin - Příklad složitosti hormonální regulace u rostlin.Syntéza, degradace, percepce, přenos signálu. Identifikace a verifikace receptorů a dalších členů signální kaskády. Poznatky ze studia protoplastů.3. Auxin - Velmi žádaný, stále nepochopenýObjev auxinu. Izolace členů signální kaskády: biochemie (ABP1), genetika (AXRs), molekulární biologie (AUX/IAA a ARF proteiny), pokus o ucelený model.4. Transport auxinu - PINy a jiná zvířenaFyziologie, Chemiosmostický model, molekulární komponenty (PIN a AUX proteiny) - exprese, lokalizace, funkce.C. Od procesu k mechanismu1. Embryogeneze - apikální-bazální osaPattern formation v embryogenezi. Mutanti Arabidopsis thaliana, identity genů, možná role auxinu, distribuce a transport auxinu, exprese, lokalizace a role PIN proteinů, buněčná polarita, ucelený model. 2. Kořenový meristém - zpět ke kořenůmKořenový meristém Arabdidopsis, mezibuněčné signály: klidové centrumkmenové buňky, auxin jako možný signál, radial patterning - SHR/SCR. 3. Organogeneze - jednota v různostiPřehled různých organogenních procesů, orgány odvozené ze stonku a kořene, vzájemný vztah mezi místními gradienty auxinu, transportem a vývojem orgánů.4. Jednotící principy - gradienty morfogenů a růstové osyD. Do buňky1. Vnitrobuněčný transport a buněčná polaritaRecyklace proteinů auxinového transportu, inhibitory auxinového transportu a jejich efekty, význam recyklace pro auxinový transport, endocytosa v rostlinách, polární targetování.2. Poučení z GNOMuIzolace mutanta gnom, GNOM protein - biochemická funkce a role ve vývoji rostliny. Souvislost s transportem auxinu. GNOM a recyklace endozomů.3. Gravitropismus kořene - integrace přístupůFyziologie, genetika, molekulární a buněčná biologie gravitropismu: Spojení různých přístupů pro pochopení jednoho procesu.

Literatura

Vieten A, Sauer M, Brewer P.B, Friml J. (2007) Molecular and cellular aspects of auxin transport-mediated development, TIPS, 4, 160-168Paciorek T and Friml J. (2006) Auxin signalling, Journal of Cell Science, 119, 1199-202. Morris D, Friml J, Zažímalová E. (2004) The Transport of Auxins. In: Davies P.J. (Ed.): Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action, Kluwer Academic Publishers. s. 437 - 470, ISBN: 1-4020-2685-4. (Textbook)

Požadavky

ústní zkouška

Garant

prof. Jiří Friml, Ph.D.