Předmět Struktura a vlastnosti inf. biopolymerů (MB140P37)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB140P37 - Struktura a vlastnosti inf. biopolymerů, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

1. Struktura a vlastnosti DNA, RNA a jejich stavebních podjednotek, konformační polymorfismus, sekvenční polymorfismus, strukturní anomálie a topologie DNA)2. Struktura a vlastnosti proteinů a jejich podjednotek3. Stanovení koncentrace informačních biopolymerů (spektrofotometrie, fluorimetrie a kolorimetrie)4. Sekvenování DNA, RNA a proteinů5. Denaturace a reasociační analýza nukleových kyselin, reasociační sondy a matrice (microarrays)6. Sedimentační analýza biopolymerů, metoda pohyblivého rozhraní, diferenciální, izokinetická a izopyknická centrifugace7. Elektroforetická analýza a separace biopolymerů včetně pulzní elektroforézy.8. Elektronová mikroskopie nukleových kyselin9. Přehled separačních a purifikačních technik10. Stanovení molární hmotnosti proteinových molekul11. Hmotová spektrometrie proteinů12. Metody sledování genové exprese resp. zastoupení různých RNA nebo proteinů v biologických objektech13. Transkripce a translace in vitro14. Metody sledování interakcí biopolymerů Povinná nebo doporučená časová posloupnost s ostatními kursyPo absolvování základního kursu molekulární biologieDalší informace:Doporučuje se využít nabídky speciálního cvičení a praktika z molekulární biologie, které na přednášku navazujíStudijní literaturaV.Vondrejs,Z.Storchová: Genové inženýrství I , Nakladatelství Karolinum,Praha2000D.Voet,J.G.Voet: Biochemie,český překlad .Victoria Publishing, Praha, 1995The Biotol team: Analysis of Amino Acids, Proteins and Nucleic Acids. Butterworth and Heinemann Press, 1992

Literatura

Materiály k předmětu budou aktualizovány v prostředí Moodle https://dl2.cuni.cz/Základní literatura:Voet P. a Voet J.G. (překlad Kotyk et al 1994) Biochemie, nakladatelství AVČR ACADEMIA, Praha (Vybrané kapitoly týkající se NA+proteinů a jejich stavebních jednotek)Vondrejs et al. Genové inženýrství I. II. III. IV. (Vybrané kapitoly týkající se metod pro separaci a analýzu NA+ proteinů založených na vlastnostech biopolymerů)Doplňující literatura:Vacík a kol. : Přehled středoškolské chemie SPN 1999 str. 64-106Zubay et al.: Principles of Biochemistry, (WCB 1995)Chang: Chemistry (WCB 1998)Doporučený software:PyMOL http://www.pymol.org/VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/Cn3D http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtmlLigand Explorer http://www.pdb.org/pdb/explore/viewerLaunch.do?viewerType=LX Jmol http://http://jmol.sourceforge.net/

Požadavky

Zkouška se koná formou testu. Každý test se skládá ze tří částí, ve kterých je student zkoušen ze znalosti následujích témat:1A) Vzorce, názvy a zkratky podjednotek a prekurzorů nukleových kyselin odvozených od majoritních bází (+ pseudouridin, dideoxyNTP). Prostorové uspořádání a vlastnosti těchto struktur, keto-enol, amino-imino tautomery, číslování atomů a značení torzních úhlů, analogy bází, mutabilita, hydratace, vodíkové můstky,Watson-Crickovy páry bází, způsoby záznamu oligonukleotidů.1B) Kódované aminokyseliny-názvy, třípísmenové zkratky, vzorce disociace a asociace, přibližné hodnoty pKa skupin a jejich názvy, kyselé, bázické neutrální aminokyseliny, polární a nepolární, aromatické, obsahující S, -OH a různé další skupiny. Chiralita, vodíkové můstky a hydratace, peptidická a isopeptidická vazba- mesomerie.2) Základní pojmy, vzorce a drobné úlohy k řešení okolo struktury a vlastností biopolymerů.3) Drobné úlohy okolo využití a aplikace metod pro analýzu a separaci biopolymerů.

Garant

RNDr. Radovan Fišer, Ph.D.