Předmět Metody v molekulární a buněčné biologii (MB140S79)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB140S79 - Metody v molekulární a buněčné biologii, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

Genomové manipulace a reverzní genetikaSelekční a reportérové geny, nástroje pro manipulaci s genomem (místně specifické rekombinázy, místně specifické endonukleázy, homologní rekombinace)reverzní genetika - náhodná inaktivace genu (transpozonová mutageneze, TILLING, genová past), cílená inaktivace genu (knock-out, RNA-interference), regulovaná exprese genu.Genomové modifikace u modelových organizmůCharakteristika a specifika modelových organismů molekulární biologie (E. coli, S. cerevisie, D. melanogaster, C. elegans, A. thaliana, myš, člověk - tkáňové kultury), vytváření knock-outů, podmíněných knock-outů, knock-inů, metody transformace, vektory. Genové modifikace člověka - genová terapieIn vivo a ex vivo genová terapie, kmenové buňky, klonování, indukované pluripotentní buňky, virové vektory pro genovou terapii (retrovirové, adenovirové, AAV), jejich produkce, nevirové vektory (transpozonové), metody transfekce, design polymerních nosičů DNA, přístupy genové terapie (exprese funkční alely genu, exprese sebevražedného genu, snížení exprese genu, oprava poškozeného genu), antisense terapie.Sekvenace DNAMetoda chemické degradace, dideoxy metoda, pyrosekvenování, metody druhé generace (454, Solexa, Ion Torrent), postup sekvenace genomů, sekvenace de novo vs. resekvenace, genomové projekty. Metody studia genové expreseMetody studia exprese jednotlivých genů: EST, Northern blot, qRT-PCR (kinetika PCR, hodnota Ct, sondy pro detekci, normalizace, efektivita PCR).Metody studia transkriptomuDNA čipy (nanášené vs. Affymetrix, prezentace výsledků: teplotní mapy, clusterování; dlaší oblasti použití DNA čipů) SAGE, RNA-Seq, differential display. Metody studia proteinůIzolace a purifikace proteinů s využitím tagů, imunoprecipitace, stanovení koncentrace proteinů, separace: PAGE (denaturační, nativní), barvení, 2D-elektroforéza (IEF, DIGE), Western blot, imunoznačení-protilátky, imunochemické metody (ELISA, ELISPOT, RIA), sekvenování (Edmanovo odbourávání), stanovení enzymové aktivity a protein-proteinových interakcí, protein arrays.Proteomikahmotnostní spektrometrie: separace, ionizační techniky, typy analyzátorů, tandemová MS.Fluorescence a fluorescenční značeníZáklady fluorescence, filtry a zdroje světla, fluorescenční značení buněk a organel, použití fluorescenčních sond, fluorescenční sondy pro měření vnitrobuněčného pH, koncentrace iontů, membránového potenciálu.Fluorescenční metodyFluorescenční mikroskop, konfokální mikroskop a dvoufotonový konfokální mikroskop. Zelenýfluorescenční protein (GFP) a jeho varianty. Možnosti využití fluorescenční proteinů, FRET, FRAP,FLIM. Průtoková cytometrie.Optická a elektronová mikroskopieZvýšení kontrastu biologických vzorků (fázový kontrast, mikroskopie temného pole, Nomarského kontrast, Hoffmanův kontrast), elektronová mikroskopie (TEM, SEM)Pokročilé mikroskopické technikyAtomic force microscopy, mikroskopie blízkého pole, TIRM, fluorescenční mikroskopie s vysokým rozlišením (4Pi, STED, PALM/STORM).Metody budoucnostiSekvenace DNA třetí generace (SMRT, sekvenace nanopórem), single-cell techniky (laserová mikropreparace, optická pinzeta, magnetická pinzeta), DNA origami a DNA nanoarray, lab-on-chip - mikrofluidní čipy.

Literatura

Předmět má přiřazen stejnojmenný kurz v systému Moodle 2(Moodle UK pro výuku 2Přírodovědecká fakultasekce BiologieKatedra genetiky a mikrobiologieMetody v molekulární a buněčné biologii). Klíč vyžadovaný k přihlášení je sdělen na přednášce. K dispozici jsou zde prezentace z přednášek, případná doporučená literatura, rozvrh na letošní rok a též výsledky zkoušek.

Požadavky

Zkouška se skládá formou písemného testu. Čas na vypracování je 60 minut. Obsahuje dvacet otázek ke stručnému vyplnění. Jedna otázka je hodnocena 0-2 body. Hodnocení:34-40 ...127-33 ...2>20-26 ...3

Garant

RNDr. Michal Čáp, Ph.D.